在Awk中處理數據

Question

我是Awk編程的新手。我有一個關於處理文本文件的問題，需要在可視化軟件中繪制某些基於網絡的圖像（Circos http://circos.ca ）

我有要使用awk / grep / sed處理值的輸入數據。 有9對（18行）。5對（前10行）用於“ from = ABCB11”，而4對（后8行）用於“ from = ABCC8”。 我想要的是從第一對的第一行中提取值，並將其替換為其他對的其余每行中的值。 因此，第2組的值為9 10，它應替換第2組中所有出現的值。 組2的下一個值為28 29，應替換為9 10。

停止應由“ from = name”（即“ from = ABCB11”）確定。在這種情況下，不必從表達式中捕獲表達式並在下一次出現時替換的行將屬於group-2。是第3組或第4組，直到第10組。因此第二組（“來自= ABCC8”）可以屬於第4/5/6組，而不必屬於第2組。這只是一個巧合。

group-2 9 10 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-3 0 1 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-2 28 29 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM1,toid=114,use=1,z=1
group-5 0 1 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM1,toid=114,use=1,z=1
group-2 29 30 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM2,toid=115,use=1,z=1
group-5 1 2 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM2,toid=115,use=1,z=1
group-2 10 11 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=DRD2,toid=158,use=1,z=1
group-3 1 2 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=DRD2,toid=158,use=1,z=1
group-2 11 12 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=EGF,toid=164,use=1,z=1
group-3 2 3 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=EGF,toid=164,use=1,z=1
group-2 21 22 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-3 12 13 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-2 0 1 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1A,toid=21,use=1,z=1
group-1 0 1 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1A,toid=21,use=1,z=1
group-2 1 2 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1B,toid=22,use=1,z=1
group-1 1 2 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1B,toid=22,use=1,z=1
group-2 2 3 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1D,toid=23,use=1,z=1
group-1 2 3 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1D,toid=23,use=1,z=1

以下是最終輸出，我正在尋找：

group-2 9 10 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-3 0 1 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-2 9 10 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM1,toid=114,use=1,z=1
group-5 0 1 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM1,toid=114,use=1,z=1
group-2 9 10 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM2,toid=115,use=1,z=1
group-5 1 2 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM2,toid=115,use=1,z=1
group-2 9 10 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=DRD2,toid=158,use=1,z=1
group-3 1 2 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=DRD2,toid=158,use=1,z=1
group-2 9 10 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=EGF,toid=164,use=1,z=1
group-3 2 3 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=EGF,toid=164,use=1,z=1
group-2 21 22 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-3 12 13 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-2 21 22 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1A,toid=21,use=1,z=1
group-1 0 1 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1A,toid=21,use=1,z=1
group-2 21 22 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1B,toid=22,use=1,z=1
group-1 1 2 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1B,toid=22,use=1,z=1
group-2 21 22 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1D,toid=23,use=1,z=1
group-1 2 3 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1D,toid=23,use=1,z=1

同樣，這僅是示例數據。如此多的對將具有第1組，第4組，第5組直到第10組。在這里，僅提及較少組中的對。

我想遍歷各行，直到“ from = name”中的值保持不變，以便我可以更改每行中的所有出現。代碼：

awk -F, 'NR%2==1 {split($2,a,"="); print a[2]}' file.txt

上面的代碼能夠提取替換行和“ from = name”中的“ name”

Answer 1

以下內容非常詳細（我喜歡詳細的變量名）。 使用您的樣本數據，我可以獲得您想要的數據。 假定每條“不均勻”行都從第一行獲得具有相同“ from = xxxx”信息的值。

awk '
  BEGIN {
    namevar=""
    val1var=""
    val2var=""
    linenum=0
  }
  {
    split($0, linearr)
    split(linearr[5], csvarr, ",")
    if (namevar != csvarr[2]) {
      namevar=csvarr[2]
      val1var=linearr[2]
      val2var=linearr[3]
      linenum=0
    }
    linenum+=1
    if (linenum%2==1) {
      print linearr[1], val1var, val2var, linearr[4], linearr[5]
    } else {
      print linearr[1], linearr[2], linearr[3], linearr[4], linearr[5]
    }
  }' file.txt