如何編譯lapack以便在安裝八度音程時可以正確使用？

Question

我正在嘗試在運行redhat + IBM LSF的集群中從源安裝最新的octave 3.8.1。 除了我自己的家庭目錄之外，我沒有其他任何地方的寫訪問權限，這就是我必須從源代碼安裝八度音程的原因。 集群提供的blas和lapack不起作用，所以我必須自己構建它們。 我現在已完成編譯blas和lapack並傳遞./configure ，但是當我運行make時，報告錯誤如下：

這些是我用來構建自己的BLAS和LAPACK 。 BLAS的源代碼在~/src/BLAS而LAPACK的源代碼在~/src/lapack-3.5.0 ，而octave 3.8.1的源代碼在~/src/octave-3.8.1 。 只有兩個模塊， 1) pcre/8.33 2) acml/5.3.1/gfortran64 ，加載，我編譯BLAS共享庫使用

gfortran -shared -O2 *.f -o libblas.so -fPIC

和靜態庫使用

gfortran -O2 -c *.f -fPIC
ar cr libblas.a *.o

然后我將共享庫libblas.so復制到〜/ src / octave-3.8.1。 lapack的目錄中make.inc文件的內容是：

####################################################################
#  LAPACK make include file.                                       #
#  LAPACK, Version 3.5.0                                           #
#  November 2013                                                   #
####################################################################
#
SHELL = /bin/sh
#  
#  Modify the FORTRAN and OPTS definitions to refer to the
#  compiler and desired compiler options for your machine.  NOOPT
#  refers to the compiler options desired when NO OPTIMIZATION is
#  selected.  Define LOADER and LOADOPTS to refer to the loader and 
#  desired load options for your machine.
#
FORTRAN  = gfortran 
OPTS     = -shared -O2 -fPIC
DRVOPTS  = $(OPTS)
NOOPT    = -O0 -frecursive
LOADER   = gfortran
LOADOPTS =
#
# Timer for the SECOND and DSECND routines
#
# Default : SECOND and DSECND will use a call to the EXTERNAL FUNCTION ETIME
#TIMER    = EXT_ETIME
# For RS6K : SECOND and DSECND will use a call to the EXTERNAL FUNCTION ETIME_
# TIMER    = EXT_ETIME_
# For gfortran compiler: SECOND and DSECND will use a call to the INTERNAL FUNCTION ETIME
TIMER    = INT_ETIME
# If your Fortran compiler does not provide etime (like Nag Fortran Compiler, etc...)
# SECOND and DSECND will use a call to the INTERNAL FUNCTION CPU_TIME
# TIMER    = INT_CPU_TIME
# If neither of this works...you can use the NONE value... In that case, SECOND and DSECND will always return 0
# TIMER     = NONE
#
#  Configuration LAPACKE: Native C interface to LAPACK
#  To generate LAPACKE library: type 'make lapackelib'
#  Configuration file: turned off (default)
#  Complex types: C99 (default)
#  Name pattern: mixed case (default)
#  (64-bit) Data model: LP64 (default)
#
# CC is the C compiler, normally invoked with options CFLAGS.
#
CC = gcc
CFLAGS = -O3
#
#  The archiver and the flag(s) to use when building archive (library)
#  If you system has no ranlib, set RANLIB = echo.
#
ARCH     = ar
ARCHFLAGS= cr
RANLIB   = ranlib
#
#  Location of the extended-precision BLAS (XBLAS) Fortran library
#  used for building and testing extended-precision routines.  The
#  relevant routines will be compiled and XBLAS will be linked only if
#  USEXBLAS is defined.
#
# USEXBLAS    = Yes
XBLASLIB     =
# XBLASLIB    = -lxblas
#
#  The location of the libraries to which you will link.  (The 
#  machine-specific, optimized BLAS library should be used whenever
#  possible.)
#
#BLASLIB      = ../../librefblas.a
BLASLIB      = ~/src/BLAS/libblas.a
LAPACKLIB    = liblapack.a
TMGLIB       = libtmglib.a
LAPACKELIB   = liblapacke.a

然后我輸入make來編譯LAPACK。 編譯后，我將輸出liblapack.a復制到〜/ src / octave-3.8.1。

./configure命令行是：

./configure --prefix=$HOME/bin/octave --with-blas=./libblas.so --with-lapack=$HOME/src/octave-3.8.1/liblapack.a --disable-readline --enable-64

我可以通過./configure。 然后我鍵入make以嘗試構建八度音階3.8.1並且我得到了上述錯誤。

從make.inc文件可以看出，我已經遵循了編譯器“ recompile with -fPIC編譯”的建議並相應地修改了make.inc。 我還在OPTS變量中添加了-shared開關。 另外，我嘗試使用舊的LAPACK版本，但沒有工作。 我真的不知道為什么錯誤仍然存​​在。 所以我想知道你是否可以告訴我如何編譯LAPACK庫，以便在安裝octave 3.8.1時正確使用它。 以下兩點可能值得考慮。 （1）我應該將lapack編譯為靜態庫還是共享庫？ （2）應該將-fPIC開關應用於lapack編譯還是octave的make ？ 如果是后者，如何申請-fPIC呢？ 您不必限制上述兩點，因為可能有其他原因導致錯誤。 歡迎任何解決這個問題的建議。 如果您需要任何其他信息，請告訴我。 謝謝。

Answer 1

剛剛在我老板的野獸上編譯了lapack共享庫...這是一個幾乎做得對的鏈接 。 我做了一些改變：

（1）將-fPIC添加到

OPTS & NOOPT in make.inc

（2）將make.inc中的名稱更改為.so

BLASLIB = ../../libblas.so

LAPACKLIB = ../liblapack.so

（3）在./SRC中，從中更改Makefile

../$(LAPACKLIB): $(ALLOBJ)
    $(ARCH) $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)
    $(RANLIB) $@

至

../$(LAPACKLIB): $(ALLOBJ)
    $(LOADER) $(LOADOPTS) -shared -Wl,-soname,liblapack.so -o $@ $(ALLOBJ) ../libblas.so

Cuz lapack正在調用blas，如果你錯過了最后一部分，你的liblapack.so將失敗！ 你需要鏈接liblapack.so libblas.so（libatlas.so也行）。 您可以使用“ldd liblapack.so”來檢查其依賴性。 如果你在那里看到libblas.so，那么你做得很對。

（4）在./BLAS/SRC中，從中更改Makefile

$(BLASLIB): $(ALLOBJ)
$(ARCH) $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)
$(RANLIB) $@

至

$(BLASLIB): $(ALLOBJ)
$(LOADER) $(LOADOPTS) -z muldefs -shared -Wl,-soname,libblas.so -o $@ $(ALLOBJ)

（5）我不需要libtmg.so所以我沒有改變它...運行

make blaslib 

然后

make lapacklib

您將編譯它們。 我檢查了liblapack.so，並在其上構建了一個numpy並加載了Python ctypes.cdll。 所有工作對我來說都是解決特征值和特征向量...所以應該沒問題......

（6）您可能需要將LD_LIBRARY_PATH設置為保存庫文件的位置。 google it ...如果沒有由admin設置，那么

export LD_LIBRARY_PATH=path-to-lib

如果已經設置，那么

export LD_LIBRARY_PATH=path-to-lib:$LD_LIBRARY_PATH

覆蓋默認的庫。

這樣你就不會有ld鏈接錯誤。 祝好運！！

在lapack-3.7.0中，SRC / Makefile中有冗余行。 只需刪除它們即可解決您的錯誤。

Answer 2

我建議使用OpenBLAS。

> git clone https://github.com/xianyi/OpenBLAS.git
> make
> make make --PREFIX=INSTALL_DIR install

將librabries從OpenBLAS移到/ usr / lib64

> cp /path/to/OpenBLAS/lib/* /usr/lib64/

然后轉到八度安裝路徑並運行

> "your specific flags" ./configure "your specific arguments" --with-blas="-lopenblas"