如何编译lapack以便在安装八度音程时可以正确使用？

Question

我正在尝试在运行redhat + IBM LSF的集群中从源安装最新的octave 3.8.1。 除了我自己的家庭目录之外，我没有其他任何地方的写访问权限，这就是我必须从源代码安装八度音程的原因。 集群提供的blas和lapack不起作用，所以我必须自己构建它们。 我现在已完成编译blas和lapack并传递./configure ，但是当我运行make时，报告错误如下：

这些是我用来构建自己的BLAS和LAPACK 。 BLAS的源代码在~/src/BLAS而LAPACK的源代码在~/src/lapack-3.5.0 ，而octave 3.8.1的源代码在~/src/octave-3.8.1 。 只有两个模块， 1) pcre/8.33 2) acml/5.3.1/gfortran64 ，加载，我编译BLAS共享库使用

gfortran -shared -O2 *.f -o libblas.so -fPIC

和静态库使用

gfortran -O2 -c *.f -fPIC
ar cr libblas.a *.o

然后我将共享库libblas.so复制到〜/ src / octave-3.8.1。 lapack的目录中make.inc文件的内容是：

####################################################################
#  LAPACK make include file.                                       #
#  LAPACK, Version 3.5.0                                           #
#  November 2013                                                   #
####################################################################
#
SHELL = /bin/sh
#  
#  Modify the FORTRAN and OPTS definitions to refer to the
#  compiler and desired compiler options for your machine.  NOOPT
#  refers to the compiler options desired when NO OPTIMIZATION is
#  selected.  Define LOADER and LOADOPTS to refer to the loader and 
#  desired load options for your machine.
#
FORTRAN  = gfortran 
OPTS     = -shared -O2 -fPIC
DRVOPTS  = $(OPTS)
NOOPT    = -O0 -frecursive
LOADER   = gfortran
LOADOPTS =
#
# Timer for the SECOND and DSECND routines
#
# Default : SECOND and DSECND will use a call to the EXTERNAL FUNCTION ETIME
#TIMER    = EXT_ETIME
# For RS6K : SECOND and DSECND will use a call to the EXTERNAL FUNCTION ETIME_
# TIMER    = EXT_ETIME_
# For gfortran compiler: SECOND and DSECND will use a call to the INTERNAL FUNCTION ETIME
TIMER    = INT_ETIME
# If your Fortran compiler does not provide etime (like Nag Fortran Compiler, etc...)
# SECOND and DSECND will use a call to the INTERNAL FUNCTION CPU_TIME
# TIMER    = INT_CPU_TIME
# If neither of this works...you can use the NONE value... In that case, SECOND and DSECND will always return 0
# TIMER     = NONE
#
#  Configuration LAPACKE: Native C interface to LAPACK
#  To generate LAPACKE library: type 'make lapackelib'
#  Configuration file: turned off (default)
#  Complex types: C99 (default)
#  Name pattern: mixed case (default)
#  (64-bit) Data model: LP64 (default)
#
# CC is the C compiler, normally invoked with options CFLAGS.
#
CC = gcc
CFLAGS = -O3
#
#  The archiver and the flag(s) to use when building archive (library)
#  If you system has no ranlib, set RANLIB = echo.
#
ARCH     = ar
ARCHFLAGS= cr
RANLIB   = ranlib
#
#  Location of the extended-precision BLAS (XBLAS) Fortran library
#  used for building and testing extended-precision routines.  The
#  relevant routines will be compiled and XBLAS will be linked only if
#  USEXBLAS is defined.
#
# USEXBLAS    = Yes
XBLASLIB     =
# XBLASLIB    = -lxblas
#
#  The location of the libraries to which you will link.  (The 
#  machine-specific, optimized BLAS library should be used whenever
#  possible.)
#
#BLASLIB      = ../../librefblas.a
BLASLIB      = ~/src/BLAS/libblas.a
LAPACKLIB    = liblapack.a
TMGLIB       = libtmglib.a
LAPACKELIB   = liblapacke.a

然后我输入make来编译LAPACK。 编译后，我将输出liblapack.a复制到〜/ src / octave-3.8.1。

./configure命令行是：

./configure --prefix=$HOME/bin/octave --with-blas=./libblas.so --with-lapack=$HOME/src/octave-3.8.1/liblapack.a --disable-readline --enable-64

我可以通过./configure。 然后我键入make以尝试构建八度音阶3.8.1并且我得到了上述错误。

从make.inc文件可以看出，我已经遵循了编译器“ recompile with -fPIC编译”的建议并相应地修改了make.inc。 我还在OPTS变量中添加了-shared开关。 另外，我尝试使用旧的LAPACK版本，但没有工作。 我真的不知道为什么错误仍然存​​在。 所以我想知道你是否可以告诉我如何编译LAPACK库，以便在安装octave 3.8.1时正确使用它。 以下两点可能值得考虑。 （1）我应该将lapack编译为静态库还是共享库？ （2）应该将-fPIC开关应用于lapack编译还是octave的make ？ 如果是后者，如何申请-fPIC呢？ 您不必限制上述两点，因为可能有其他原因导致错误。 欢迎任何解决这个问题的建议。 如果您需要任何其他信息，请告诉我。 谢谢。

Answer 1

刚刚在我老板的野兽上编译了lapack共享库...这是一个几乎做得对的链接 。 我做了一些改变：

（1）将-fPIC添加到

OPTS & NOOPT in make.inc

（2）将make.inc中的名称更改为.so

BLASLIB = ../../libblas.so

LAPACKLIB = ../liblapack.so

（3）在./SRC中，从中更改Makefile

../$(LAPACKLIB): $(ALLOBJ)
    $(ARCH) $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)
    $(RANLIB) $@

至

../$(LAPACKLIB): $(ALLOBJ)
    $(LOADER) $(LOADOPTS) -shared -Wl,-soname,liblapack.so -o $@ $(ALLOBJ) ../libblas.so

Cuz lapack正在调用blas，如果你错过了最后一部分，你的liblapack.so将失败！ 你需要链接liblapack.so libblas.so（libatlas.so也行）。 您可以使用“ldd liblapack.so”来检查其依赖性。 如果你在那里看到libblas.so，那么你做得很对。

（4）在./BLAS/SRC中，从中更改Makefile

$(BLASLIB): $(ALLOBJ)
$(ARCH) $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)
$(RANLIB) $@

至

$(BLASLIB): $(ALLOBJ)
$(LOADER) $(LOADOPTS) -z muldefs -shared -Wl,-soname,libblas.so -o $@ $(ALLOBJ)

（5）我不需要libtmg.so所以我没有改变它...运行

make blaslib 

然后

make lapacklib

您将编译它们。 我检查了liblapack.so，并在其上构建了一个numpy并加载了Python ctypes.cdll。 所有工作对我来说都是解决特征值和特征向量...所以应该没问题......

（6）您可能需要将LD_LIBRARY_PATH设置为保存库文件的位置。 google it ...如果没有由admin设置，那么

export LD_LIBRARY_PATH=path-to-lib

如果已经设置，那么

export LD_LIBRARY_PATH=path-to-lib:$LD_LIBRARY_PATH

覆盖默认的库。

这样你就不会有ld链接错误。 祝好运！！

在lapack-3.7.0中，SRC / Makefile中有冗余行。 只需删除它们即可解决您的错误。

Answer 2

我建议使用OpenBLAS。

> git clone https://github.com/xianyi/OpenBLAS.git
> make
> make make --PREFIX=INSTALL_DIR install

将librabries从OpenBLAS移到/ usr / lib64

> cp /path/to/OpenBLAS/lib/* /usr/lib64/

然后转到八度安装路径并运行

> "your specific flags" ./configure "your specific arguments" --with-blas="-lopenblas"