R中帶有誤差線的堆積條形圖

Question

我想繪制帶有誤差線的堆積條形圖。 我有一個帶有五個變量的數據框。 Var1包含處理對Var2三個不同物種的影響。 治療效果以可變value給出。 變量的start和end包含誤差線的值。 我想以一定的方式繪制堆疊的條形圖，以使Var1和Var2的順序相同。 像這樣：

這個數字只是一個例子。 一些示例數據：

Var1    Var2    value   start   end
Eff1    spe1    0.73    0.72    0.74
Eff2    spe1    0.25    0.24    0.26
Eff3    spe1    0.007   0.006   0.008
Eff1    spe2    0.69    0.68    0.7
Eff2    spe2    0   0   0
Eff3    spe2    0.3 0.29    0.31
Eff1    spe3    0.78    0.77    0.79
Eff2    spe3    0   0   0
Eff3    spe3    0.212   0.2 0.22

表中的值與上圖不匹配。 感謝您的建議。

Answer 1

df <- read.table(text="
Var1    Var2    value   ybegin  yend
Eff1    spe1    0.73    0.72    0.74
Eff2    spe1    0.25    0.24    0.26
Eff3    spe1    0.007   0.006   0.008
Eff1    spe2    0.69    0.68    0.7
Eff2    spe2    0   0   0
Eff3    spe2    0.3 0.29    0.31
Eff1    spe3    0.78    0.77    0.79
Eff2    spe3    0   0   0
Eff3    spe3    0.212   0.2 0.22", header = T)
str(df)

df[df$Var1 == "Eff2", "ybegin"] <- df[df$Var1 == "Eff2", "ybegin"] + df[df$Var1 == "Eff1", "value"]
df[df$Var1 == "Eff2", "yend"] <- df[df$Var1 == "Eff2", "yend"] + df[df$Var1 == "Eff1", "value"]
df[df$Var1 == "Eff3", "ybegin"] <- df[df$Var1 == "Eff3", "ybegin"] + df[df$Var1 == "Eff2", "ybegin"]
df[df$Var1 == "Eff3", "yend"] <- df[df$Var1 == "Eff3", "yend"] + df[df$Var1 == "Eff2", "yend"]

library(ggplot2)
dodge <- position_dodge(width = 0.9)
cols <- c("black", "white", "darkgrey") 
limits <- aes(ymax = yend , ymin = ybegin)
ggplot(df, aes(x = Var2, y = value, fill = Var1)) + geom_bar(stat="identity", color = "black") + 
  scale_fill_manual(values = cols) +
  geom_errorbar(limits, colour = "red", width = 1,  position = dodge) + 
  theme_bw() +
  theme(panel.grid.major = element_blank() ,panel.grid.minor = element_blank()) 

Answer 2

我認為，帶有錯誤欄的堆積條形圖不是最佳選擇。 為了進行比較，使用帶有錯誤欄的躲避條形圖的示例：

ggplot(df, aes(x=Var2, y=value, fill=Var1)) + 
  geom_bar(stat="identity", color="black", position=position_dodge(width = 0.9)) + 
  geom_errorbar(aes(ymax=yend, ymin=ybegin), width=0.6, position=position_dodge(width = 0.9)) + 
  theme_bw() +
  theme(panel.grid.major.x = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank())

結果是：