lme4軟件包安裝在Ubuntu 12.04上失敗

Question

編輯：

非常感謝user20650，他的回答解決了這個問題。 但是，如果有人知道.Rprofile文件為什么會影響Ubuntu 12.04上的lme4安裝，請提出建議，因為我真的很想知道。

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原始帖子：

我正在嘗試安裝doBy軟件包，並且遇到了一些問題。 它取決於lme4 ，由於某種原因，它至今尚未從我嘗試過的任何源進行編譯。 我去過SO上的一些鏈接，包括這個鏈接，但沒有取得任何成功。

以下是我在安裝時遇到的錯誤的摘要。 我嘗試了三種不同的方法，如下所述。 有人知道lme4是否有lme4嗎？

嘗試1：

> install.packages('doBy')
# ...
# ERROR: compilation failed for package ‘lme4’
# * removing ‘/home/richard/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/lme4’
# Warning in install.packages :
#   installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
# 
# Successfully loaded .Rprofile at Wed May 21 13:33:34 2014 
# ERROR: dependency ‘lme4’ is not available for package ‘doBy’
# * removing ‘/home/richard/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/doBy’
# Warning in install.packages :
#   installation of package ‘doBy’ had non-zero exit status

嘗試2：

> install.packages("lme4",repos = "http://r-forge.r-project.org")
# Installing package into ‘/home/richard/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1’
# (as ‘lib’ is unspecified)
# Warning in install.packages :
#   package ‘lme4’ is not available (for R version 3.1.0)

嘗試3：

> install_github(repo = 'lme4/lme4', username = 'stevencarlislewalker')

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運行Ubuntu 12.04 LTS

> version
# _                           
# platform       x86_64-pc-linux-gnu         
# arch           x86_64                      
# os             linux-gnu                   
# system         x86_64, linux-gnu           
# status                                     
# major          3                           
# minor          1.0                         
# year           2014                        
# month          04                          
# day            10                          
# svn rev        65387                       
# language       R                           
# version.string R version 3.1.0 (2014-04-10)
# nickname       Spring Dance     

Answer 1

這（可能）可能不是一個答案，理查德問：但我復制了安裝問題lme4上ubuntu 12,04上Rv3.1 。 如果其他人可以重現這一點，那將是很好的。

因此，從我的評論開始-注意到Richard擁有.Rprofile，在我的.Rprofile定義.First和.Last導致軟件包無法安裝。

楓樹

首先卸載lme4

remove.packages("lme4")

定義.Rprofile文件

## .First() run at the start of every R session.
.First <- function() {
cat("\nSuccessfully loaded your .Rprofile at", date(), "\n")
}

## .Last() run at the end of the session
.Last <- function() {
cat("\nGoodbye at ", date(), "\n")
}

打開R

嘗試安裝lme4沒有成功，並且出現與Richard相似的錯誤

install.packages("lme4")

...
* removing ‘/home/admin1/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/lme4’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status

因此，在終端中重命名（或刪除） .Rprofile文件

mv .Rprofile temp.Rprofile

再次打開R並嘗試安裝lme4

install.packages("lme4")

...
* installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (lme4)

 library(lme4)
# Loading required package: Matrix
# Loading required package: Rcpp

Answer 2

這是一個錯誤，應該在開發版本中（在Github上）和版本1.1-7中的提交（很快嗎？）中通過此提交進行修復。

Answer 3

根據您的評論和更多問題：

• 您正在通過將R 3.1.0安裝到Ubuntu 12.04上來向自己射擊。

• 現在，您運行的R與發行版中的r-cran-lme4類的軟件包不同步。

• 好消息是，您可以向發行版詢問有關它知道的所謂Build-Depends的信息，然后根據R 3.1.0重建lme4。

• 或者可以從Michael在啟動板的其他工作中受益，並使用他的其他存儲庫，例如r-travis代碼： sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/rrutter"然后是sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/c2d4u"

最后一步將為您提供大量的預構建軟件包。 從長遠來看，您當然最好能夠自己從源代碼構建軟件包...

Answer 4

 sudo apt-get install r-base-dev

為我解決了問題