lme4软件包安装在Ubuntu 12.04上失败

Question

编辑：

非常感谢user20650，他的回答解决了这个问题。 但是，如果有人知道.Rprofile文件为什么会影响Ubuntu 12.04上的lme4安装，请提出建议，因为我真的很想知道。

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原始帖子：

我正在尝试安装doBy软件包，并且遇到了一些问题。 它取决于lme4 ，由于某种原因，它至今尚未从我尝试过的任何源进行编译。 我去过SO上的一些链接，包括这个链接，但没有取得任何成功。

以下是我在安装时遇到的错误的摘要。 我尝试了三种不同的方法，如下所述。 有人知道lme4是否有lme4吗？

尝试1：

> install.packages('doBy')
# ...
# ERROR: compilation failed for package ‘lme4’
# * removing ‘/home/richard/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/lme4’
# Warning in install.packages :
#   installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
# 
# Successfully loaded .Rprofile at Wed May 21 13:33:34 2014 
# ERROR: dependency ‘lme4’ is not available for package ‘doBy’
# * removing ‘/home/richard/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/doBy’
# Warning in install.packages :
#   installation of package ‘doBy’ had non-zero exit status

尝试2：

> install.packages("lme4",repos = "http://r-forge.r-project.org")
# Installing package into ‘/home/richard/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1’
# (as ‘lib’ is unspecified)
# Warning in install.packages :
#   package ‘lme4’ is not available (for R version 3.1.0)

尝试3：

> install_github(repo = 'lme4/lme4', username = 'stevencarlislewalker')

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运行Ubuntu 12.04 LTS

> version
# _                           
# platform       x86_64-pc-linux-gnu         
# arch           x86_64                      
# os             linux-gnu                   
# system         x86_64, linux-gnu           
# status                                     
# major          3                           
# minor          1.0                         
# year           2014                        
# month          04                          
# day            10                          
# svn rev        65387                       
# language       R                           
# version.string R version 3.1.0 (2014-04-10)
# nickname       Spring Dance     

Answer 1

这（可能）可能不是一个答案，理查德问：但我复制了安装问题lme4上ubuntu 12,04上Rv3.1 。 如果其他人可以重现这一点，那将是很好的。

因此，从我的评论开始-注意到Richard拥有.Rprofile，在我的.Rprofile定义.First和.Last导致软件包无法安装。

枫树

首先卸载lme4

remove.packages("lme4")

定义.Rprofile文件

## .First() run at the start of every R session.
.First <- function() {
cat("\nSuccessfully loaded your .Rprofile at", date(), "\n")
}

## .Last() run at the end of the session
.Last <- function() {
cat("\nGoodbye at ", date(), "\n")
}

打开R

尝试安装lme4没有成功，并且出现与Richard相似的错误

install.packages("lme4")

...
* removing ‘/home/admin1/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/lme4’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status

因此，在终端中重命名（或删除） .Rprofile文件

mv .Rprofile temp.Rprofile

再次打开R并尝试安装lme4

install.packages("lme4")

...
* installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (lme4)

 library(lme4)
# Loading required package: Matrix
# Loading required package: Rcpp

Answer 2

这是一个错误，应该在开发版本中（在Github上）和版本1.1-7中的提交（很快吗？）中通过此提交进行修复。

Answer 3

根据您的评论和更多问题：

• 您正在通过将R 3.1.0安装到Ubuntu 12.04上来向自己射击。

• 现在，您运行的R与发行版中的r-cran-lme4类的软件包不同步。

• 好消息是，您可以向发行版询问有关它知道的所谓Build-Depends的信息，然后根据R 3.1.0重建lme4。

• 或者可以从Michael在启动板的其他工作中受益，并使用他的其他存储库，例如r-travis代码： sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/rrutter"然后是sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/c2d4u"

最后一步将为您提供大量的预构建软件包。 从长远来看，您当然最好能够自己从源代码构建软件包...

Answer 4

 sudo apt-get install r-base-dev

为我解决了问题