從Python子進程讀取stdout

Question

我試圖捕獲通過python啟動以進行日志記錄的進程的輸出。 但是由於某些原因，盡管我進行了所有嘗試，但所有解決方案似乎都不適用於此特定情況。 有人可以幫忙嗎？ 我的代碼如下所示：

cmd = 'cat input.fq | fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCC -l 5 -c -n -v | fastx_trimmer -Q33 -f 2 > ../results/trimmed.fq' 
p = Popen(cmd,shell=True,stdout = PIPE) 
for line in p.stdout:output.write(line)

Answer 1

> ...將命令輸出重定向到文件； 因此，您將不會從命令獲得任何輸出。 刪除> ...部分：

cmd = 'cat input.fq | fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCC -l 5 -c -n -v | fastx_trimmer -Q33 -f 2'

Answer 2

> ../results/trimmed.fq確實會將您的命令輸出重定向到../results/trimmed.fq，就像falsetru所說的那樣，因此您不應期望在p.stdout打印任何行。 但是，如果在運行命令后該文件仍然為空，我會懷疑input.fq或fastx_clipper的參數有問題。

我還要指出的是，如果要將輸出都寫入文件並在終端中顯示，則可以使用tee命令。 它看起來像這樣：

'cat input.fq | fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCC -l 5 -c -n -v | fastx_trimmer -Q33 -f 2 | tee ../results/trimmed.fq'