从Python子进程读取stdout

Question

我试图捕获通过python启动以进行日志记录的进程的输出。 但是由于某些原因，尽管我进行了所有尝试，但所有解决方案似乎都不适用于此特定情况。 有人可以帮忙吗？ 我的代码如下所示：

cmd = 'cat input.fq | fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCC -l 5 -c -n -v | fastx_trimmer -Q33 -f 2 > ../results/trimmed.fq' 
p = Popen(cmd,shell=True,stdout = PIPE) 
for line in p.stdout:output.write(line)

Answer 1

> ...将命令输出重定向到文件； 因此，您将不会从命令获得任何输出。 删除> ...部分：

cmd = 'cat input.fq | fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCC -l 5 -c -n -v | fastx_trimmer -Q33 -f 2'

Answer 2

> ../results/trimmed.fq确实会将您的命令输出重定向到../results/trimmed.fq，就像falsetru所说的那样，因此您不应期望在p.stdout打印任何行。 但是，如果在运行命令后该文件仍然为空，我会怀疑input.fq或fastx_clipper的参数有问题。

我还要指出的是，如果要将输出都写入文件并在终端中显示，则可以使用tee命令。 它看起来像这样：

'cat input.fq | fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCC -l 5 -c -n -v | fastx_trimmer -Q33 -f 2 | tee ../results/trimmed.fq'