我如何在biojava中選擇多個鏈作為結構對齊的結構對象

Question

我正在嘗試使用BioJava庫進行結構比對。 我想從一個結構對象中一個接一個地選擇鏈，然后將它們添加到另一個結構對象中，這樣我就可以與它們進行結構對齊，但是我還無法弄清楚如何做。 我到目前為止編寫的代碼如下，但是它給出了空指針異常（可能是因為new_structure設置為null）。 我還能嘗試什么？

 private static Structure prepareStructures(String structure_name, AtomCache cache){

    Structure structure = null;
    Structure new_structure = null;
    String[] pdbnchain;
    try{
        pdbnchain = structure_name.split("\\.");
        structure = cache.getStructure(pdbnchain[0]);
        for(int i = 0; i < pdbnchain[1].length(); i++){
            String letter = pdbnchain[1].charAt(i)+"";
            new_structure.addChain(structure.getChainByPDB(letter));
        }
    } catch(Exception ex){
        ex.printStackTrace();
    }
    return new_structure;
}

Answer 1

您可以使用 ：

Structure new_structure = structure.clone();

以獲得結構的相同副本。然后，您還將在new_structure中擁有所有第一個結構的鏈。

可能您應該在執行以下操作之后：

structure = cache.getStructure(pdbnchain[0]);
new_structure = structure.clone();

具有非null值。 請參閱此文檔。

您也可以嘗試：

Structure new_structure = new StructureImpl(); // StructureImpl implements Structure interface.