標簽[biojava] - 堆棧內存溢出

[英]How can I use mmCIF format instead PDB in BioJava?

我有一個小問題...... 我知道要下載使用BioJava的PDB結構我應該使用我該怎么做才能使用mmCIF文件？ ...

[英]Biojava : HET aminoacids

讀pdb結構2a65我正面臨一個氨基酸殘基的情況，該殘基應被視為“ 蛋白質的配體 ”而不是“ 蛋白質的一部分 ”。在PDB文件和CIF文件中，此LEU.601殘基都標記為HET，不幸的是，它的名稱為LEU，看來Biojava會自動將其標記為ATOM。有人知道區分“蛋白鏈A”和配體“ ...

如何將置信度值整合到DNA色譜圖圖像中？

[英]How to integrate confidence values into DNA chromatogram images?

我正在使用biojava創建色譜圖。色譜圖是圖像。每個基本調用都保存在矩形中。要獲取x坐標（左側）：gfx.getCallboxBounds（int i）.getX（）; 要獲取寬度：gfx.getCallboxBounds（int i）.getX（）其中，整數 ...

如何在色譜圖上對鹼基檢出進行編號？

[英]How to number basecalls on chromatogram?

我已經創建了（dna序列）色譜圖的圖像。我將如何在每個基本通話中添加一個數字？我可以得到圖片的像素長度和底數。如果將它們相除，我將得到基本調用之間的平均距離，這可以很好地近似每個基本調用的去向。如何在圖片頂部放置數字（1-[底數]）？這是GUI的圖片以及程序的 ...

無法使Biojava在Maven Netbeans應用程序中工作

[英]Can't get biojava to work in a Maven Netbeans application

使BioJava在使用Maven構建的Netbeans RCP應用程序中工作時遇到問題。我已經創建了一個Maven模塊作為包裝，包括在POM中公開的org.biojava。*和org.forester。*包。然后，從另一個模塊中，將包裝器設置為依賴項，並使用BioJava食譜中的一些基本 ...

Biojava示例與ExceptionInInitializerError運行

[英]Biojava sample run with ExceptionInInitializerError

我試圖從Wikipedia運行一個非常簡單的示例BioJava復制和編寫示例。但是，當我運行它時，出現以下異常：版： ...

Java Bioinformatics - 獲取字符串中多個特定單詞的所有索引

[英]Java Bioinformatics - get all indexes of multiple specific words in a string

我在大學的生物信息學課程中有一個項目，我項目中的一個項目是基因預測。我今天的問題是如何獲取字符串中多個特定單詞的所有索引。例如，在我的情況下，我想找到所有出現的起始密碼子("AUG")和終止密碼子("UAA","UAG", "UGA")並用它們預測基因，只是試圖做開放閱讀框架（ORF ...

我如何在biojava中選擇多個鏈作為結構對齊的結構對象

[英]how can i choose multiple chains as a structure object for structural alignment in biojava

我正在嘗試使用BioJava庫進行結構比對。我想從一個結構對象中一個接一個地選擇鏈，然后將它們添加到另一個結構對象中，這樣我就可以與它們進行結構對齊，但是我還無法弄清楚如何做。我到目前為止編寫的代碼如下，但是它給出了空指針異常（可能是因為new_structure設置為null）。我 ...

Biojava二級結構預測

[英]Biojava secondary structure prediction

在biojava中，有什么方法可以根據給定序列預測二級結構？或者，如果沒有，我該如何實施？任何源代碼？任何exe推薦？ ...

與現有輪廓的比對順序

[英]Alignement sequence to existing profile

我想問一下是否有可能使用biojava add序列來退出輪廓對齊？我的意思是我想保持我現有的資料穩定。如果我添加新序列以進行比對，則如果輪廓中出現缺口，它將貫穿整列-這就是我想要得到的。 ...

biojava線程“主”中的異常java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException：

[英]biojava Exception in thread “main” java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException:

我有多個序列比對的問題。我有以下兩個序列，我試圖使用biojava方法將它們對齊，但出現這樣的錯誤。我不知道怎么了。我知道序列的長度不一樣，但是沒關系。 GSKTGTKITFYEDKNFQGRRYDCDCDCADFHTYLSRCNSIKVEGGTWAVYERPNFAGYMYIL ...

使用Biojava或Biopython檢索某些生物的全基因組基因庫文件

[英]Retrieving whole genome genbank files for some organism using Biojava or Biopython

有誰知道如何使用BIopython或BioJAVA從FTP ncbi自動搜索和解析gbk文件。我已經在BIojava中搜索了實用程序，但是沒有找到任何實用程序。我也嘗試過BioPython，這是我的代碼：但是，只有3種鳥分枝桿菌屬物種（完整的基因組序列和完整注釋），我得到的結果 ...

java.net.SocketException：網絡不可訪問（Windows 8上的Eclipse）

[英]java.net.SocketException: Network is unreachable (Eclipse on Windows 8)

我在Windows 8上使用Eclipse運行我的代碼時遇到問題。下面的代碼在Linux上的Eclipse中運行流暢，但在Windows 8中卻無法正常運行。基本上， getStructure方法嘗試下載PDB文件，但失敗並給出以下錯誤。我試圖重新安裝和更新JDK，關閉了防火 ...

biojava包導入錯誤

[英]biojava package import error

我已經下載了biojava jar文件並保存在我的類路徑中。我正在嘗試測試來自： http ： //www.biojava.org/wiki/BioJava : CookBook : Core : FastaReadWrite 但是，它給了我錯誤：我有24個站點中顯示的示例文 ...

如何使用外部biojava庫中的類

[英]How to use a class from the external biojava library

我是編程新手，想使用Biojava3中的類。特別是GeneIDXMLReader類中的getDNACodingSequences方法。當我在下面包含import語句時，它不會編譯。我也嘗試在eclipse中使用lookup函數，但它也看不到它。 ...

將GenBank格式文件轉換為FASTA格式

[英]Conversion of GenBank format file to FASTA format

我是Java的新手，想要構建一個可以將GenBank文本文件轉換為FASTA格式的程序。基本上會有兩個texbox：一個用於上傳GenBank格式文件，另一個用於顯示轉換后的FASTA格式文件。這是GenBank格式文件：及其相應的FASTA格式文件是：任何人都可 ...

用Java實現獲得共識序列的好方法是什么？

[英]What is a good way to implement getting a consensus sequence in Java?

我有以下問題：我有2個DNA序列字符串（由ACGT組成），它們在一個或兩個點上有所不同。發現差異是微不足道的，所以我們就忽略它對於每個差異，我想獲得表示兩種可能性的共識符號（例如，M表示A或C）我知道我可以創建一個很大的if-cascade，但是我認為 ...

使用biojava將文本文件讀取到JTable的特定列的步驟

[英]Steps to read the text file into specific columns of JTable using biojava

這是一個典型的輸入.txt文件（也稱為fasta文件）：可以在此處找到讀取序列的代碼。它給出了正確的輸出，如下圖所示，帶有標簽分隔：問題是我在NetBeans中開發了一個由具有5列的JTable組成的表單，即：和一個JTextArea 。我想在JTabl ...

生物信息學 - 需要獲得ATOMS序列

[英]Bioinformatics - Need to get the ATOMS sequence

我在BioJava中搜索一個方法，從PDB文件中獲取Atom序列。我觀察了BioJava API但是對於getAtomSequence（）它捕獲了氨基酸。我嘗試使用BioJava中的其他幾種方法，但沒有任何方法可行。有人可以幫我嗎？謝謝 ...