如何從回歸數據中提取殘差？

Question

這可能是一個非常簡單的問題，但我確實需要R的幫助。

我有一個表達式數據，為此我進行了線性回歸來校正協變量，我想在文件中提取殘差。

所以下面是我的循環

for (i in 1:n) {
    geneProbe         <- z.na[,i]

    lm1    <- lm(geneProbe ~ phenotype + covariate1 + covariate2 + covariate3)

    write.table(lm1$residuals, file="residuals.txt", sep="\t")
}

當然，當我執行以下操作時

write.table(lm1$residuals, file="residuals.txt", sep="\t")

我僅能按以下方式（循環數（ residuals.txt ））檢索residuals.txt ：

Res1
-0.00224226
0.005144119
0.011142788
1.90E-05
-0.003698019

我希望將它們用於所有i或循環，如下所示（單個residuals.txt文件）。 換句話說，每個循環都應添加一列：

Res1            Res2            Res3            Res4
-0.00224226     0.009583449     0.000538104     0.012497267
0.005144119     0.015632242     -0.000104554    -0.009199898
0.011142788     -0.012912383    -0.004363051    -0.010270967
1.90E-05        -0.038716093    0.004149837     0.011071139
-0.003698019    0.015219847     -0.002486236    -0.009230721

Answer 1

將殘差保存在循環內的矩陣或數據框中，然后在完成后保存表。 例如：

resdat = matrix(NA, 5,n)
for (i in 1:n) {
    geneProbe         <- z.na[,i]
    lm1    <- lm(geneProbe ~ phenotype + covariate1 + covariate2 + covariate3)
    resdat[,i] = lm1$residuals
}
write.table(resdat, file="residuals.txt", sep="\t")