在R中作圓圖

Question

我正在嘗試制作類似於基因表達圖的圓形圖。 我發現R中的circlize包可以做到這一點，而我試圖遵循此http://cran.r-project.org/web/packages/circlize/vignettes/genomic_plot.pdf

我設法達到：6.創建繪圖區域

但是當我打字

circos.genomicPoints(Region, value, numeric.column = c(1,2))

我收到此錯誤：

Error in get.cell.meta.data("sector.index") : 
Length of `sector.index` should only be 1.

當我鍵入

circos.genomicLines(Region, value, numeric.column = c(1, 2))

我收到此錯誤：

Error in region[[1]] + region[[2]] : 
  non-numeric argument to binary operator

區域是具有205個觀測值和7個變量的數據框：染色體，開始位置，結束位置，然后是一些值value是具有205個觀測值和2個變量的數據框：兩個數值

我對這種情節完全陌生，因此不勝感激

謝謝

Answer 1

region在低級別的功能，例如circos.genomicPoints或circos.genomicLines應該是一個數據幀只包含兩列（開始位置和結束位置）。 由於諸如circos.genomicPoints功能circos.genomicPoints只能作用於一個染色體，因此無需將染色體信息放入該region 。

推薦的方法來調用circos.genomicPoints是投入panel.fun致電時circos.genomicTrackPlotRegion ：

bed  # your data frame which is bed-file format
circos.initializeWithIdeogram()
circos.genomicTrackPlotRegion(bed, panel.fun = function(region, value, ...) {
    circos.genomicPoints(region, value, ...)
})

在上面的示例代碼中， panel.fun是一個自定義函數，將在每個染色體中執行。 panel.fun中的region和value是從bed中提取的“當前染色體”中的相應數據幀。

如果你想通過調用微調您的情節circos.genomicPoints外circos.genomicTrackPlotRegion ，你需要建立你的region和value的變量，也不要忘記設置sector.index或track.index指定哪些染色體和軌道您要放置圖形：

for(chr in chromosomes) {
    region = bed[bed[[1]] == "chr", 2:3]
    value = bed[bed[[1]] == "chr", some_column_index]
    circos.genomicPoints(region, value, sector.index = chr, ...)
}