如何制作堆疊馬戲團 plot？

[英]How to make stacked circos plot?

我需要制作一個 circos plot（最好使用 circlize 或其他 R 包），它看起來應該類似於這個： https://journals.plos.org/plosone/article/figure/image?size=large&id=10.1371/journal。 pon ...

如何在 R 中的 Circlize 包中為自定義塊着色

[英]How to shade custom blocks in Circlize package in R

我正在使用 R 包 circlize 創建一個 circos 圖。 我的目標是在本文中創建類似於圖 2 的內容： https ://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1004812。 我想自定義指定在哪里 ...

用R中的df制作矩陣

[英]Make a matrix out of a df in R

所以我有一張看起來像這樣的桌子 我想要一個這樣的矩陣，所以我可以繪制一個馬戲團圖 我設法從矩陣開始修復，但我不知道如何填寫值， 我將不勝感激任何幫助。 非常感謝 ...

circlize::circos.heatmap 添加單元格之間的間隙

[英]circlize::circos.heatmap Add gaps between cells

我正在創建一個圓形熱圖，如下所示： 如何在熱圖中的各個單元格之間添加間隙？ ...

R package circlize：circos 熱圖 colors 未顯示

[英]R package circlize: circos heatmap colors not showing up

我正在嘗試使用 circlize package 創建一個循環 plot。當使用十六進制顏色代碼時，我的 plot 沒有顯示任何內容，但當我使用實際顏色名稱時，它會顯示。 這是為什么？ 代碼： 當我使用非十六進制顏色名稱時，它有效： ...

如何從 R 中的數據框中將文本添加到圓環圖

[英]How to add text to circos graph from data frame in R

我有一個看起來像這樣的df X 是一個 3 乙 6 C 4 D 9 我想 plot 在使用 circlize 的 circos 圖中使用 4 個部分。 每個部分都應該有 X 軸作為標題，並且在該部分中它應該有 Y 軸值。 我只想直接從 df 和 plot 獲取數據 ...

由於缺少模塊 GD 導致 dyld[14230] 導致 Circos 執行失敗：調用的缺少符號

[英]Circos execution fails due to missing module GD which causes dyld[14230]: missing symbol called

首先我想提一下，我不是程序員，也沒有英語母語，但我會盡力做到最好:-) 我一直在尋找一種方法來創建一些漂亮的圓形可視化（和弦圖）並在 Circos （ http://circos.ca ）中難倒，這似乎符合我的需求。 安裝一直很順利，直到最后一步，我遇到了 GD 的問題，並在嘗試修復它時繞着圈子跑。 ...

在 circos 中使用 circos function

[英]Use circos function in circos

有人能幫我嗎？ 如何在我的數據中添加我的 circos function？ 當我嘗試時，我收到一條錯誤消息，但它沒有產生任何結果嘗試遵循本指南我的數據是這樣的： 我的代碼在這里表示： ...

layout_circle 使用 ggbio 從 a.csv 中提取數據

[英]layout_circle using ggbio pulling data from a .csv

我正在嘗試提取存儲在 a.csv 上的染色體大小數據。 我嘗試繪制該信息我得到下一個錯誤：“（函數（類，fdef，mtable）中的錯誤：無法找到function'layout_circle'簽名''data.frame'的繼承方法” 這就是我正在使用的： 有沒有辦法可以將文件調用到我的代碼中？ 先 ...

在 Mac OS Big Sur 版本 11.0.1 上安裝 circos 時缺少 GD

[英]missing GD while installing circos on Mac OS Big Sur Version 11.0.1

我發現在 MacOS 上安裝 circos 非常非常困難，而且我在 Google 上找到的所有答案都非常生疏，並且不適用於 Mac OS Big Sur 11.0.1 版。 以下是我所缺少的： 似乎唯一缺少的 package 是GD 。 所以我嘗試安裝GD。 同樣，問題似乎缺少libgd 。 所以 ...

在 circlize 中添加基因組特征軌跡時出錯

[英]Errors adding genomic feature track in circlize

我正在嘗試使用 BED 文件中的簡單基因組符號生成 circos plot。 但是，當我使用circos.genomeRect時，這會導致錯誤，或者導致軌道不是 plot 矩形，而是如下所示的半圓。 考慮以下可重現的示例： 這將返回一個錯誤： if (sum(l) && circo ...

像在ggplot中一樣循環圓形條形圖

[英]Circlize circular barplot as in ggplot

我正在嘗試將使用 ggplot2 制作的圓形條形圖復制到 ciclize 中，如下所示： 雖然我可以將它帶入散點圖並添加回歸： 條形圖的可視化讓我更感興趣。 但是，我在 circlize 指南或任何示例中沒有找到任何類似的示例。 我已經使用 circos.polygon 工具，但是繪制每個條似乎 ...

如何在 R 中的 circlize chordDiagram 上更改 label 字體大小

[英]How to change label fontsize on circlize chordDiagram in R

我有以下矩陣： 並產生 chordDiagram 如下： 制作附圖。 我的問題是：如何使所有標簽“chr X”、“chr Y”等更大？ ...

離散軸雜色圖的軟件推薦

[英]Software recommendation for circos plot with discrete axis

我想作一個類似馬戲團的圖來僅可視化SNP（SNP屬性具有多個軌跡）。 可以使用python，R來完成，也可以考慮其他語言。 到目前為止，我已經看過circlize R包。 但是，初始化馬戲團圖時，出現錯誤"Range of the sector ('C') cannot be 0" 。 ...

R 包 - 從導入的包傳輸環境

[英]R package - Transferring environment from imported package

假設有一個 R 包 ( myPackage )，它通過描述文件和 NAMESPACE 文件導入 R 包RCircos 。 RCircos 的優點之一是它定義了一個自定義環境（稱為RCircos.Env ）並從它的各種功能讀取/寫入該環境的變量。 例如，函數RCircos.Initialize. ...

如何使用R包循環創建圓形多直方圖？

[英]How to create a circular multi-histogram graph using the R package circlize?

由於我是R語言的初學者，所以我事先表示歉意。 我有一個大數據文件，其中包含多個因素（15），並且每個因素中有來自各個組的多個測試樣本（5）。 我已經計算出每個因素中每個組的均值。 為了簡化數據顯示，我想創建一個圓形圖來顯示此信息。 我遇到了“ circilize”包，而“ circo ...

GraphViz點圓形節點對齊

[英]GraphViz dot Circular Node Alignment

如何使用Graphviz將群集中的圓形節點與其他文本對齊？ （可選）具有相同的節點位置（每個群集總是8個節點）？ 我嘗試了circo ，但是遇到了一些缺點： 無聚類 沒意見 較大標簽（10個以上字符）的邊距問題 對齊方式隨標簽大小而變化 這個（ ...

使用 RCircos 包繪制基因組數據

[英]Plotting genomic data using RCircos package

我正在嘗試使用 R 中的 RCircos 包來可視化基因組位置之間的鏈接。 我不熟悉這個包，並且從 2016 年開始使用 CRAN 存儲庫中提供的包文檔。 我試圖根據包要求格式化我的數據。 這是它的樣子： 最終，我想制作一個從 ChromStart 到 ChromStart.1 的軌跡的圖，每 ...

R：在弦圖中基於寬度對扇區進行排序？

[英]R: Sorting Sectors in Chord Diagram based on Width?

我在R中使用和弦圖（通過Circlize / Circos包）來可視化數據集中的名稱關聯。 我能夠生成和弦圖（如下所示）： 但是，我不知道如何根據每個扇區（或每個名稱）的寬度進行排序（例如：在“弦圖”的下半部分，我想按以下降序排列這些扇區：N / A將排在首位，然后是Dean，Aa ...

調整 highlight.sector() 寬度和位置 - R 中的和弦圖（circlize 包）

[英]Adjust highlight.sector() width and placement - Chord diagram (circlize package) in R

我需要一些幫助來調整 circlize 包中chordDiagram()突出顯示部分。 我正在處理漁業上岸數據。 漁船在一個港口（母港PORT_DE ）開始PORT_DE ，然后在另一個港口（登陸港PORT_LA ）上岸。 我正在處理以噸為單位的活重扇貝（着陸SCALLOP_W ）。 這是數據框的 ...