使用Intel MKL編譯R 3.1.1：--enable-R-shlib觸發對符號錯誤的未定義引用

Question

問題

我需要使用帶有ICC ​​/ MKL（Composer XE 2013 SP 1.3.174）的共享庫（--enable-R-shlib）編譯R 3.1.1，才能使用特定的IDE（rstudio），但我遇到了麻煩。

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語境

有關我的平台的一些信息：

OS: Ubuntu 14.04.1 LTS
Kernel: 3.13.0-30
Compiler: Intel ICC (Composer XE 2013 SP 1.3.174)
MKL: Intel MKL (Composer XE 2013 SP 1.3.174)

我以前有一個用ICC / MKL（Composer XE 2013 SP 1.3.174）編譯的R 3.1.1（沒有共享庫）的有效安裝，如下所示：

$source /opt/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
$export CC="icc"
$export CXX="icpc"
$export AR="xiar"
$export LD="xild"
$export CFLAGS="-O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes"
$export CXXFLAGS="-O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes"
$export MKL="-lmkl_gf_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread"
$./configure --with-lapack --with-blas="$MKL" --build="x86_64-linux-gnu" --host="x86_64-linux-gnu" > log_cfg
$make > log_make_out 2> log_make_err
#make install

當我運行上面的命令時，編譯成功，並且在過程結束時log_make_err為空。

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正如我在一開始所說的，我現在需要使用共享庫（--enable-R-shlib）來編譯R。 因此，我嘗試使用與以前完全相同的命令（同一台計算機），並將配置行更改為：

$./configure --with-lapack --with-blas="$MKL" --build="x86_64-linux-gnu" --host="x86_64-linux-gnu" --enable-R-shlib

這給出以下輸出：

  R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu

  Source directory:          .
  Installation directory:    /usr/local

  C compiler:                icc -std=gnu99  -O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes
  Fortran 77 compiler:       gfortran  -g -O2

  C++ compiler:              icpc  -O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes
  C++ 11 compiler:           icpc  -std=c++11 -O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes
  Fortran 90/95 compiler:    x86_64-linux-gnu-gfortran -g -O2
  Obj-C compiler:        x86_64-linux-gnu-gcc 

  Interfaces supported:      X11, tcltk
  External libraries:        readline, BLAS(generic), LAPACK(in blas), lzma
  Additional capabilities:   PNG, JPEG, TIFF, NLS, cairo
  Options enabled:           shared R library, R profiling

  Recommended packages:      yes

在這種情況下， 編譯不會成功，並且log_make_err包含以下內容 ：

ld: /tmp/ipo_iccUpPSPh.o: undefined reference to symbol '__kmpc_end@@VERSION'
/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/compiler/lib/intel64/libiomp5.so: error adding symbols: DSO missing from command line
make[3]: *** [R.bin] Error 1
make[2]: *** [R] Error 2
make[1]: *** [R] Error 1
make: *** [R] Error 1

當我在每種情況下對configure腳本的輸出運行diff時，沒有發現奇怪的情況：

753c753
<   Options enabled:           R profiling
---
>   Options enabled:           shared R library, R profiling

我試圖包括make命令的完整輸出，但是它超過了允許的最大字符數，因此在這種情況下，使用pastebin並不是一個好習慣。

如果您覺得缺少信息可以幫助您將我引向正確的方向，請告訴我。

謝謝！

Answer 1

我一直在針對MKL編譯R及其挑戰。 我尚未在ubuntu上進行此操作，但是從您的配置中有四件事對我產生了影響：

1. 使用icc針對mkl進行編譯時，通常必須在其中一個mkl目錄中獲取shell腳本，才能將一堆環境變量設置為正確的動態庫搜索路徑。 我看不到您正在這樣做嗎？

2. 您可以通過對libmkl_rt將您的生活輕松了許多 。 我的配置行（用於gcc）使用

   --with-blas =“ mkl_rt” --with-lapack BLAS_LIBS =“-lmkl_rt -liomp5 -lpthread”

3. 您嘗試使用編譯器指令啟用openmp而不發送--enable-openmp進行配置。

4. 您正在將icc與gfortran混合使用，而不是為gfortran設置鏈接指令或庫列表。 除非重新編譯，否則MKL可能不會鏈接到gfortran。 我不能直接從他們那里得到答案。 帶指令的gfortran似乎並不知道您希望它是多線程的，並且它可能不知道如何查找庫。

Answer 2

在腳本中添加以下內容可為我解決：

export MAIN_LDFLAGS='-openmp'

其他一切保持不變。

希望這對其他人有用。