使用Intel MKL编译R 3.1.1：--enable-R-shlib触发对符号错误的未定义引用

Question

问题

我需要使用带有ICC ​​/ MKL（Composer XE 2013 SP 1.3.174）的共享库（--enable-R-shlib）编译R 3.1.1，才能使用特定的IDE（rstudio），但我遇到了麻烦。

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语境

有关我的平台的一些信息：

OS: Ubuntu 14.04.1 LTS
Kernel: 3.13.0-30
Compiler: Intel ICC (Composer XE 2013 SP 1.3.174)
MKL: Intel MKL (Composer XE 2013 SP 1.3.174)

我以前有一个用ICC / MKL（Composer XE 2013 SP 1.3.174）编译的R 3.1.1（没有共享库）的有效安装，如下所示：

$source /opt/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
$export CC="icc"
$export CXX="icpc"
$export AR="xiar"
$export LD="xild"
$export CFLAGS="-O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes"
$export CXXFLAGS="-O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes"
$export MKL="-lmkl_gf_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread"
$./configure --with-lapack --with-blas="$MKL" --build="x86_64-linux-gnu" --host="x86_64-linux-gnu" > log_cfg
$make > log_make_out 2> log_make_err
#make install

当我运行上面的命令时，编译成功，并且在过程结束时log_make_err为空。

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正如我在一开始所说的，我现在需要使用共享库（--enable-R-shlib）来编译R。 因此，我尝试使用与以前完全相同的命令（同一台计算机），并将配置行更改为：

$./configure --with-lapack --with-blas="$MKL" --build="x86_64-linux-gnu" --host="x86_64-linux-gnu" --enable-R-shlib

这给出以下输出：

  R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu

  Source directory:          .
  Installation directory:    /usr/local

  C compiler:                icc -std=gnu99  -O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes
  Fortran 77 compiler:       gfortran  -g -O2

  C++ compiler:              icpc  -O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes
  C++ 11 compiler:           icpc  -std=c++11 -O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes
  Fortran 90/95 compiler:    x86_64-linux-gnu-gfortran -g -O2
  Obj-C compiler:        x86_64-linux-gnu-gcc 

  Interfaces supported:      X11, tcltk
  External libraries:        readline, BLAS(generic), LAPACK(in blas), lzma
  Additional capabilities:   PNG, JPEG, TIFF, NLS, cairo
  Options enabled:           shared R library, R profiling

  Recommended packages:      yes

在这种情况下， 编译不会成功，并且log_make_err包含以下内容 ：

ld: /tmp/ipo_iccUpPSPh.o: undefined reference to symbol '__kmpc_end@@VERSION'
/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/compiler/lib/intel64/libiomp5.so: error adding symbols: DSO missing from command line
make[3]: *** [R.bin] Error 1
make[2]: *** [R] Error 2
make[1]: *** [R] Error 1
make: *** [R] Error 1

当我在每种情况下对configure脚本的输出运行diff时，没有发现奇怪的情况：

753c753
<   Options enabled:           R profiling
---
>   Options enabled:           shared R library, R profiling

我试图包括make命令的完整输出，但是它超过了允许的最大字符数，因此在这种情况下，使用pastebin并不是一个好习惯。

如果您觉得缺少信息可以帮助您将我引向正确的方向，请告诉我。

谢谢！

Answer 1

我一直在针对MKL编译R及其挑战。 我尚未在ubuntu上进行此操作，但是从您的配置中有四件事对我产生了影响：

1. 使用icc针对mkl进行编译时，通常必须在其中一个mkl目录中获取shell脚本，才能将一堆环境变量设置为正确的动态库搜索路径。 我看不到您正在这样做吗？

2. 您可以通过对libmkl_rt将您的生活轻松了许多 。 我的配置行（用于gcc）使用

   --with-blas =“ mkl_rt” --with-lapack BLAS_LIBS =“-lmkl_rt -liomp5 -lpthread”

3. 您尝试使用编译器指令启用openmp而不发送--enable-openmp进行配置。

4. 您正在将icc与gfortran混合使用，而不是为gfortran设置链接指令或库列表。 除非重新编译，否则MKL可能不会链接到gfortran。 我不能直接从他们那里得到答案。 带指令的gfortran似乎并不知道您希望它是多线程的，并且它可能不知道如何查找库。

Answer 2

在脚本中添加以下内容可为我解决：

export MAIN_LDFLAGS='-openmp'

其他一切保持不变。

希望这对其他人有用。