為多個對象的成對“全部與全部”比較創建循環

Question

我想對多個數據幀進行成對的“全部與全部”組合，以我的Mantel測試為例。

我要比較大約50種不同的矩陣：Obj1，Obj2，Obj3，...，Objn

library(vegan)
mantel(Obj1, Obj2)

我可以遍歷所有組合嗎，可能會省略冗余對嗎？ 因此，僅做n * (n-1)/2一半？

我正在將結果收集到一個數據框中：

result <- data.frame(mantel_r = NA, significance = NA)
mant <- mantel(Obj1, Obj2)
result[01, c("mantel_r", "significance")] <- mant[3:4]

是否可以將循環與此基本代碼結合在一起？ 可能根據輸入為result.dataframe的行命名？

Answer 1

我想mantel是vegan

library(vegan)   
names1 <- ls(pattern="Obj")
names1 #I created 3 matrices with names starting with Obj
#[1] "Obj1" "Obj2" "Obj3"

Cmb1 <- combn(names1, 2)
lst1 <- lapply(split(Cmb1, col(Cmb1)), function(x) unlist(mantel(get(x[1]), get(x[2]))[3:4]))

更新資料

我假設您希望list元素具有一些名稱。

names(lst1) <- sapply(lst1, function(x) { paste(paste(names(x), x, sep="_"), collapse="_") })

lst1