從成對比較列表中創建矩陣

Question

有人很好，可以解決我的第一個問題（對矩陣集合的成對“全部”與“全部”組合使用函數）：

library(vegan)
#by Akrun

A <- matrix(sample.int(100, size = 50*50, replace = TRUE), nrow = 50, ncol = 50)
B <- matrix(sample.int(100, size = 50*50, replace = TRUE), nrow = 50, ncol = 50)
C <- matrix(sample.int(100, size = 50*50, replace = TRUE), nrow = 50, ncol = 50)

Obj1 <- vegdist(decostand(A,"standardize",MARGIN=2), method="euclidean")
Obj2 <- vegdist(decostand(B,"standardize",MARGIN=2), method="euclidean")
Obj3 <- vegdist(decostand(C,"standardize",MARGIN=2), method="euclidean")


names1 <- ls(pattern="Obj")
Cmb1 <- combn(names1, 2)
lapply(split(Cmb1, col(Cmb1)), function(x) unlist(mantel(get(x[1]), get(x[2]))[3:4]))

這將產生一個結果列表，例如：

$`1`
 statistic     signif 
0.03006202 0.4070000

有兩個問題：

1. 我可以將比較對象的兩個名稱寫入“ $”行嗎？ 用

   split（Cmb1，col（Cmb1）

可以獲取名稱。

2. 更好的是，是否可以以某種方式為n個對象創建具有n行和n列的矩陣並填充其統計值？

感謝您抽出寶貴的時間。

Answer 1

這是你想要的嗎...？

（使用tmp從

tmp <- sapply(split(Cmb1, col(Cmb1)),
              function(x) unlist(mantel(get(x[1]), get(x[2]))[3:4]))

並注意到我將其sapply()調用，因此更容易提取statistic數據。）

## zero matrix to fill in - change 0 to be what you want on diagonal
mstat <- matrix(0, ncol = 3, nrow = 3)
## directly fill lower triangle of matrix
mstat[lower.tri(mstat)] <- tmp[1, , drop = TRUE]
## need to transpose
tmstat <- t(mstat)
## then fill in lower triangle again, to get correct order
tmstat[lower.tri(tmstat)] <- tmp[1, , drop = TRUE]
## transpose back
mstat <- t(tmstat)
## add on identifiers
colnames(mstat) <- rownames(mstat) <- names1

> mstat
            Obj1        Obj2       Obj3
Obj1  0.00000000 -0.04570113 0.03407708
Obj2 -0.04570113  0.00000000 0.04781475
Obj3  0.03407708  0.04781475 0.00000000