子集來自數據幀的不匹配行，該行由第二個數據幀中的多列中的值限制

Question

我想從一個制表符分隔的數據幀（df1）中“提取”數據行，其中在第二個數據幀（df2）中找不到僅在第1 2和3列中的條目，但將所有列值都保留在df1中。

這是一個最小的例子

df1

chr     start       end         pvalue      S1          S2
chr10   100028205   100028508   8.97E-01    3.0373832   3.6170213
chr10   100227439   100227832   5.04E-14    10.6730769  2.7279813
chr10   100992157   100992687   6.66E-03    12.6997477  17.3807599
chr10   100993821   100994188   9.94E-01    2.4369017   2.2819886
chr10   101089011   101090655   1.48E-07    6.6696846   9.3321407
chr10   101190452   101190925   5.37E-01    0.9708738   0.5974608
chr10   101279942   101280382   4.72E-03    7.2614108   11.8119266
chr10   101281182   101282116   1.34E-01    20.0733945  22.3736969
chr10   101282726   101282934   3.02E-01    15.7142857  19.6261682
chr10   101287163   101287920   6.95E-01    24.543379   25.7190265

我的實際數據集將在“ chr”中包含各種chr編號，以及數千行和幾列數據

df2

chr     start       end         
chr10   100227439   100227832   
chr10   100992157   100992687   
chr10   101089011   101090655   
chr10   101287163   101287920   

所需的輸出：

df3

chr     start       end         pvalue      S1          S2
chr10   100028205   100028508   8.97E-01    3.0373832   3.6170213
chr10   100993821   100994188   9.94E-01    2.4369017   2.2819886
chr10   101190452   101190925   5.37E-01    0.9708738   0.5974608
chr10   101279942   101280382   4.72E-03    7.2614108   11.8119266
chr10   101281182   101282116   1.34E-01    20.0733945  22.3736969
chr10   101282726   101282934   3.02E-01    15.7142857  19.6261682

我嘗試了各種命令，包括：

df3 <- df1[!(df1[,1:3] %in% df2[,1:3])]

返回所有df1

df3 <- df1[!(df1$chr & df1$start & df1$end) %in% df2$chr & df2$start & df2$end]

錯誤

Answer 1

假設df1和df2均為數據幀。

library(dplyr)
anti_join(df1, df2)
# Joining by: c("chr", "start", "end")
#     chr     start       end  pvalue         S1         S2
# 1 chr10 101282726 101282934 0.30200 15.7142857 19.6261682
# 2 chr10 101281182 101282116 0.13400 20.0733945 22.3736969
# 3 chr10 101279942 101280382 0.00472  7.2614108 11.8119266
# 4 chr10 101190452 101190925 0.53700  0.9708738  0.5974608
# 5 chr10 100993821 100994188 0.99400  2.4369017  2.2819886
# 6 chr10 100028205 100028508 0.89700  3.0373832  3.6170213