R：從包中覆蓋函數的正確方法是什么？

Question

我正在使用 R 包，其中有 2 個函數 f1 和 f2（f2 調用 f1）
我希望覆蓋函數 f1。

由於 R 2.15 和包中命名空間的強制使用，如果我只是獲取新函數，它確實在全局環境中可用（即，只需在控制台中調用 f1(x) 返回新結果）。 但是，調用 f2 仍然會使用打包的函數 f1。 （因為命名空間會修改搜索路徑，並按照編寫 R 擴展教程中的說明將其密封）
用新的完全替換 f1 的正確方法是什么？ （除了重新構建包！）這在幾種情況下很有用。 例如，如果您尚未開發的包中存在錯誤。 或者，如果您不想在它們仍在開發過程中每天重新構建您的軟件包。

我知道函數

assignInNamespace("f1",f1,ns="mypackage")

但是，幫助頁面?assignInNamespace有點神秘，似乎不鼓勵人們在不提供更多信息的情況下使用它，而且我在官方 CRAN 教程中找不到任何最佳實踐建議。 並在調用此函數后：

# Any of these 2 calls return the new function
mypackage::f1 
getFromNamespace(x = "f1", envir = as.environment("package:mypackage"))

# while this one still returns the old packaged version
getFunction(name = "f1", where = as.environment("package:mypackage")) 

這是非常令人不安的。 搜索路徑如何受到影響？

現在我正在做一些丑陋的事情，例如修改lockEnvironment函數，以便library不會鎖定包命名空間，並且我可以在替換 f1 后在稍后階段鎖定它（這似乎真的不是一個好習慣）

所以基本上我有兩個問題：

1. 在包命名空間（應該被鎖定）的情況下， assignInNamespace究竟做了什么
2. 有哪些好的做法？

非常感謝您在那里分享您的經驗。

編輯：對這個問題感興趣的人可能會發現這篇博文非常有趣。

Answer 1

這里有很多不同的案例。

如果是別人包的bug
那么最好的做法是聯系包維護者並說服他們修復它。 這樣每個人都能得到修復，而不僅僅是你。

如果在開發自己的包時出現錯誤
然后，您需要找到一個可以輕松重建包的工作流程。 就像使用devtools包並鍵入build(mypackage) ，或單擊按鈕（RStudio 中的“Build & Reload”；Architect 中的“R CMD build”）。

如果您只想要與現有包不同的行為
如果它不是這樣的錯誤，或者包維護者不會進行您想要的修復，那么您將必須維護自己的f1副本。 使用assignInNamespace在現有包中覆蓋它是可以探索的，但它有點hacky，所以它不是真正適合永久解決方案。

最好的辦法是創建自己的包含f1和f2副本的包。 這比聽起來要省力，因為您可以只定義f2 <- existingpackage::f2 。

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回應評論：

如果您是一個人，第二和第三種情況是有意義的，但它們需要構建和安裝包，這在我的組織中很棘手，因為包部署在數十台計算機上，我需要 root 訪問權限來更新包。

因此，獲取現有包源的副本，應用您的補丁，並將其托管在您的公司網絡或 github 或 Bitbucket 上。 然后可以通過編程方式安裝更新的包

install.packages("//some/network/path/mypackage_0.0-1.tar.gz", repos = NULL)

或者

library(devtools)
install_github("mypackage", "mygithubusername")

由於安裝只是一行代碼，您可以輕松地將其推送到任意數量的機器上。 您也不需要 root 訪問權限 - 只需將包安裝到不需要 root 訪問權限即可寫入的庫文件夾中。 （閱讀Startup和.libPaths幫助頁面以了解如何定義新庫。）您需要對這些機器進行網絡訪問，但我無法幫助您。 與您的網絡管理員或您的老板或任何可以獲得您許可的人交談。

Answer 2

如果函數在包中沒有顯式綁定：

rlang::env_unlock(env = asNamespace('mypackage'))
rlang::env_binding_unlock(env = asNamespace('mypackage'))
assign('f1', f1, envir = asNamespace('mypackage'))
rlang::env_binding_lock(env = asNamespace('mypackage'))
rlang::env_lock(asNamespace('mypackage'))