Knitr pandoc 執行在 R 中停止

Question

Knitr / Rmarkdown 執行停止

當我運行 Knitr 和 Rmarkdown 時，即使使用 knitr 示例腳本，我也會收到以下錯誤消息。

Error in system(paste(shQuote(pandoc_path), "--version"), intern = TRUE) : '"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc"' not found Calls: <Anonymous> ... get_pandoc_version -> with_pandoc_safe_environment -> force -> system Execution halted

我已經從庫中安裝並加載了 knitr 和 rmarkdown，或者使用開發工具從 github 獲取最新版本。

由於它以前可以正常工作並且我沒有更改任何設置，我想知道這是否可能是由於新的 R 版本以及是否導致了這種情況？

我曾嘗試將 pandoc 上傳到它在錯誤中要求的特定位置，但很難遵循在線指南，因此沒有移動到文件夾中，以防萬一它變得更糟，因為在我對它的原因感到困惑之前不需要它是錯誤嗎？

不知道還有什么可以嘗試的，我已經在 knitr 和 pandoc 網頁上搜索了任何線索，但沒有成功。

如果有人知道如何盡快解決這個問題，我將不勝感激！！

Answer 1

我知道這是一個非常古老的問題，但我遇到了完全相同的問題，昨天編織一個 Rmd 文件運行良好，今天停止使用上述相同的錯誤消息。 即使編織默認的 Rmd 啟動文件也失敗了。

有可能是我們的 IS 人員應用了一個 Windows 補丁，這可能破壞了某些東西，因為我根本沒有改變我的設置。

做一個 Sys.which('pandoc') 表明它在錯誤的地方（用戶特定的位置）。

更新 RStudio 沒有幫助。 將以下內容添加到我的 Rmd 文件也不起作用：

Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC="PATH_TO_MY_PANDOC_BIN")

最終奏效的是 Ivo Fugers 回應的一個子集：

install.packages('installr')
install.pandoc()

（我沒有密切注意，但我認為我允許它卸載另一個版本的 pandoc。）系統重啟后，編織再次工作。

希望這對未來的人們有所幫助，因為這似乎是一個仍然偶爾出現的問題。

Answer 2

我在統計計算課上遇到了類似的問題。 對我的一些同學（包括我自己）有用的解決方案是安裝幾個版本的 MikTex（大約需要一個小時）。 否則，這是我們老師給我們的解決方案：

因此，當您最終遇到 pandoc 錯誤，或者當您的 Latex 方程未顯示在“標記”中時，這是一種可能的策略：

第1步

在 R 控制台中手動重新安裝 pandoc：

安裝/加載包：

if(!require(installr)) { install.packages("installr"); 要求（安裝程序）} #加載/安裝+加載安裝程序

安裝 pandoc

安裝.pandoc()

第2步

從http://www.tug.org/protext/下載自解壓 protext.exe 文件。 使用默認設置從此 .exe 文件安裝 MikTex...

2a. 確保您允許 Protext 在未經許可的情況下即時安裝軟件包。

第 3 步

看看https://tex.stackexchange.com/questions/81739/the-memory-dump-file-could-not-be-found ，不是解決方案。 更改所有用戶的權限

C:\\Users\\YourUsername\\AppData\\Local\\Temp

和

C:\\Program Files\\MikTex 2.9\\

來完全控制。

這該怎么做？ 轉到 C:\\Users\\YourUsername\\AppData\\Local ，然后右鍵單擊文件夾 Temp。 轉到屬性 --> 安全...並確保列出的所有用戶（甚至是受信任的安裝）都具有完全控制訪問權限。

Answer 3

我昨天遇到了完全相同的問題並感到震驚，因為直到前天一切都在工作。 我正在用 R markdown 完成我的項目，它開始拋出錯誤。

在沒有太多幫助的情況下，我只是將 RStudio 升級到了最新版本 (0.98.1091)。 不到 10 分鍾，一切都開始正常工作。 我相信這種突然的阻塞是由於 Windows 補丁更新造成的，但不是 100% 肯定。

Answer 4

將文件名“C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc”更改為“C:/ProgramFiles/RStudio/bin/pandoc/pandoc”或其他名稱。

它不允許文件地址中有空格（如程序文件）。