Knitr pandoc 执行在 R 中停止

Question

Knitr / Rmarkdown 执行停止

当我运行 Knitr 和 Rmarkdown 时，即使使用 knitr 示例脚本，我也会收到以下错误消息。

Error in system(paste(shQuote(pandoc_path), "--version"), intern = TRUE) : '"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc"' not found Calls: <Anonymous> ... get_pandoc_version -> with_pandoc_safe_environment -> force -> system Execution halted

我已经从库中安装并加载了 knitr 和 rmarkdown，或者使用开发工具从 github 获取最新版本。

由于它以前可以正常工作并且我没有更改任何设置，我想知道这是否可能是由于新的 R 版本以及是否导致了这种情况？

我曾尝试将 pandoc 上传到它在错误中要求的特定位置，但很难遵循在线指南，因此没有移动到文件夹中，以防万一它变得更糟，因为在我对它的原因感到困惑之前不需要它是错误吗？

不知道还有什么可以尝试的，我已经在 knitr 和 pandoc 网页上搜索了任何线索，但没有成功。

如果有人知道如何尽快解决这个问题，我将不胜感激！！

Answer 1

我知道这是一个非常古老的问题，但我遇到了完全相同的问题，昨天编织一个 Rmd 文件运行良好，今天停止使用上述相同的错误消息。 即使编织默认的 Rmd 启动文件也失败了。

有可能是我们的 IS 人员应用了一个 Windows 补丁，这可能破坏了某些东西，因为我根本没有改变我的设置。

做一个 Sys.which('pandoc') 表明它在错误的地方（用户特定的位置）。

更新 RStudio 没有帮助。 将以下内容添加到我的 Rmd 文件也不起作用：

Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC="PATH_TO_MY_PANDOC_BIN")

最终奏效的是 Ivo Fugers 回应的一个子集：

install.packages('installr')
install.pandoc()

（我没有密切注意，但我认为我允许它卸载另一个版本的 pandoc。）系统重启后，编织再次工作。

希望这对未来的人们有所帮助，因为这似乎是一个仍然偶尔出现的问题。

Answer 2

我在统计计算课上遇到了类似的问题。 对我的一些同学（包括我自己）有用的解决方案是安装几个版本的 MikTex（大约需要一个小时）。 否则，这是我们老师给我们的解决方案：

因此，当您最终遇到 pandoc 错误，或者当您的 Latex 方程未显示在“标记”中时，这是一种可能的策略：

第1步

在 R 控制台中手动重新安装 pandoc：

安装/加载包：

if(!require(installr)) { install.packages("installr"); 要求（安装程序）} #加载/安装+加载安装程序

安装 pandoc

安装.pandoc()

第2步

从http://www.tug.org/protext/下载自解压 protext.exe 文件。 使用默认设置从此 .exe 文件安装 MikTex...

2a. 确保您允许 Protext 在未经许可的情况下即时安装软件包。

第 3 步

看看https://tex.stackexchange.com/questions/81739/the-memory-dump-file-could-not-be-found ，不是解决方案。 更改所有用户的权限

C:\\Users\\YourUsername\\AppData\\Local\\Temp

和

C:\\Program Files\\MikTex 2.9\\

来完全控制。

这该怎么做？ 转到 C:\\Users\\YourUsername\\AppData\\Local ，然后右键单击文件夹 Temp。 转到属性 --> 安全...并确保列出的所有用户（甚至是受信任的安装）都具有完全控制访问权限。

Answer 3

我昨天遇到了完全相同的问题并感到震惊，因为直到前天一切都在工作。 我正在用 R markdown 完成我的项目，它开始抛出错误。

在没有太多帮助的情况下，我只是将 RStudio 升级到了最新版本 (0.98.1091)。 不到 10 分钟，一切都开始正常工作。 我相信这种突然的阻塞是由于 Windows 补丁更新造成的，但不是 100% 肯定。

Answer 4

将文件名“C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc”更改为“C:/ProgramFiles/RStudio/bin/pandoc/pandoc”或其他名称。

它不允许文件地址中有空格（如程序文件）。