R 從 Shell 安裝包

Question

我正在嘗試使用 R 為 Hadoop Streaming 實現一個 reducer。但是，我需要找到一種方法來訪問某些不是在 R、dplyr 等中構建的庫。 根據我的研究，似乎有兩種方法：

(1) 在reducer 代碼中，將需要的庫安裝到一個臨時文件夾中，它們將在會話完成時被釋放，如下所示：

.libPaths(c(.libPaths(), temp <- tempdir()))
install.packages("dplyr", lib=temp, repos='http://cran.us.r-project.org')
library(dplyr)
...

但是，這種方法將產生巨大的開銷，具體取決於您嘗試安裝的庫數量。 所以大部分時間都會浪費在安裝庫上（像 dplyr 這樣復雜的庫有大量的依賴項，在 vanilla R 會話上安裝需要幾分鍾的時間）。

所以聽起來我需要事先安裝它，這導致我們接近2。

(2) 我的集群相當大。 我必須使用像 Ansible 這樣的工具才能讓它工作。 所以我更喜歡用一個 Linux shell 命令來安裝庫。 我之前見過R CMD INSTALL... ，但是，感覺只會從源文件安裝包，而不是在 R 控制台中執行install.packages() ，找出鏡像，拉取源文件，在一個命令中安裝.

誰能告訴我如何在 shell 中使用一個命令行來非交互式安裝 R 包？ （對於這么多背景知識很抱歉，如果有人認為我什至沒有遵循正確的哲學，請隨時在評論中留下應該如何管理整個集群 R 包。）

Answer 1

tl;博士

Rscript -e 'install.packages("drat", repos="https://cloud.r-project.org")'

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您提到您正在嘗試將dplyr安裝到磁盤上的自定義lib位置。 請注意， dplyr包不支持。 您可以在dplyr#4641 中閱讀更多內容。

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此外，如果您正在安裝刊登在內部專用包CRAN樣庫（由創建drat或tools::write_PACKAGES ），你可以很容易地結合repos從CRAN自動參數和依賴關系。

Rscript -e 'install.packages("priv.pkg", repos=c("cran.priv","https://cloud.r-project.org"))'

這是R 存儲庫的非常方便的功能，盡管對於生產用途，我建議在本地緩存來自 CRAN 的包，並使用它們，因此您永遠不會對依賴項的重大更改感到驚訝。 有關在生產中處理 R 的質量信息，我建議查看 Wit Jakuczun 在 WhyR2019如何使 R 非常適合（不僅）企業中的機器學習： 幻燈片、視頻。

Answer 2

您可能會發現利特勒有用。 它是 R 的命令行前端/變體（使用 R 嵌入接口）。

我用的是install.r腳本都從外殼安裝包的時間。 還有第二個變體具有更多的命令行參數解析，但它具有附加的依賴性。