R 从 Shell 安装包

Question

我正在尝试使用 R 为 Hadoop Streaming 实现一个 reducer。但是，我需要找到一种方法来访问某些不是在 R、dplyr 等中构建的库。 根据我的研究，似乎有两种方法：

(1) 在reducer 代码中，将需要的库安装到一个临时文件夹中，它们将在会话完成时被释放，如下所示：

.libPaths(c(.libPaths(), temp <- tempdir()))
install.packages("dplyr", lib=temp, repos='http://cran.us.r-project.org')
library(dplyr)
...

但是，这种方法将产生巨大的开销，具体取决于您尝试安装的库数量。 所以大部分时间都会浪费在安装库上（像 dplyr 这样复杂的库有大量的依赖项，在 vanilla R 会话上安装需要几分钟的时间）。

所以听起来我需要事先安装它，这导致我们接近2。

(2) 我的集群相当大。 我必须使用像 Ansible 这样的工具才能让它工作。 所以我更喜欢用一个 Linux shell 命令来安装库。 我之前见过R CMD INSTALL... ，但是，感觉只会从源文件安装包，而不是在 R 控制台中执行install.packages() ，找出镜像，拉取源文件，在一个命令中安装.

谁能告诉我如何在 shell 中使用一个命令行来非交互式安装 R 包？ （对于这么多背景知识很抱歉，如果有人认为我什至没有遵循正确的哲学，请随时在评论中留下应该如何管理整个集群 R 包。）

Answer 1

tl;博士

Rscript -e 'install.packages("drat", repos="https://cloud.r-project.org")'

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您提到您正在尝试将dplyr安装到磁盘上的自定义lib位置。 请注意， dplyr包不支持。 您可以在dplyr#4641 中阅读更多内容。

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此外，如果您正在安装刊登在内部专用包CRAN样库（由创建drat或tools::write_PACKAGES ），你可以很容易地结合repos从CRAN自动参数和依赖关系。

Rscript -e 'install.packages("priv.pkg", repos=c("cran.priv","https://cloud.r-project.org"))'

这是R 存储库的非常方便的功能，尽管对于生产用途，我建议在本地缓存来自 CRAN 的包，并使用它们，因此您永远不会对依赖项的重大更改感到惊讶。 有关在生产中处理 R 的质量信息，我建议查看 Wit Jakuczun 在 WhyR2019如何使 R 非常适合（不仅）企业中的机器学习： 幻灯片、视频。

Answer 2

您可能会发现利特勒有用。 它是 R 的命令行前端/变体（使用 R 嵌入接口）。

我用的是install.r脚本都从外壳安装包的时间。 还有第二个变体具有更多的命令行参数解析，但它具有附加的依赖性。