Windows 64和GSL中的Cython

Question

我正在嘗試編譯以下pyx代碼：

#declaring external GSL functions to be used
cdef extern from "math.h":
    double sqrt(double)

cdef double Sqrt(double n):
   return sqrt(n)

cdef extern from "gsl/gsl_rng.h":
   ctypedef struct gsl_rng_type:
       pass
   ctypedef struct gsl_rng:
       pass
   gsl_rng_type *gsl_rng_mt19937
   gsl_rng *gsl_rng_alloc(gsl_rng_type * T)

cdef gsl_rng *r = gsl_rng_alloc(gsl_rng_mt19937)

cdef extern from "gsl/gsl_randist.h":
   double gamma "gsl_ran_gamma"(gsl_rng * r,double,double)
   double gaussian "gsl_ran_gaussian"(gsl_rng * r,double)

# original Cython code
def gibbs(int N=20000,int thin=500):
   cdef double x=0
   cdef double y=0
   cdef int i, j
   samples = []
   #print "Iter  x  y"
   for i in range(N):
       for j in range(thin):
           x = gamma(r,3,1.0/(y*y+4))
           y = gaussian(r,1.0/Sqrt(x+1))
       samples.append([x,y])
   return samples

smp = gibbs()

這是我的setup.py文件的樣子：

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext

import numpy
import sys

if sys.platform == "win32":
    include_gsl_dir = sys.exec_prefix+"\gsl\include"
    lib_gsl_dir = sys.exec_prefix+"\gsl\lib"
else:
    include_gsl_dir = sys.exec_prefix+"\include"
    lib_gsl_dir = sys.exec_prefix+"\lib"

ext = Extension("samplers", ["samplers.pyx"],
    include_dirs=[numpy.get_include(), 
                  include_gsl_dir],
    library_dirs=[lib_gsl_dir],
    libraries=["gsl","gslcblas","m"]
)
setup(ext_modules=[ext],
    cmdclass = {'build_ext': build_ext})

GSL文件包含在C：\\ Users \\ MyName \\ Anaconda \\ gsl \\ include \\ gsl，C：\\ Users \\ MyName \\ Anaconda \\ gsl \\ lib \\和C：\\ Users \\ MyName \\ Anaconda \\ gsl \\ bin中。 因此，為什么setup.py文件包含對sys.exec_prefix的引用以獲取python可執行文件所在的主Anaconda文件夾。

我如何將GSL與Cython鏈接有什么問題？ 當我跑步時：

 python setup.py build_ext --inplace

創建PYD文件時，當我嘗試從創建pyd的同一文件夾中的python環境導入采樣器時，出現了可怕的“ ImportError：DLL加載失敗：找不到指定的模塊”。

我認為它編譯錯誤是因為它無法與GSL文件通信，或者pyx代碼出了點問題。 我排除了后者，因為它可以成功編譯pyd文件而不會出錯。

我也嘗試過與CythonGSL模塊鏈接，但是如果您查看init .py，則Win32 gsl需要位於c：\\ Program Files \\ GnuWin32 \\ include中，並且我更喜歡在Anaconda文件夾中包含gsl庫。 但是，將它們放在c：\\ Program Files \\ GnuWin32 \\ include仍然會給我同樣的ImportError錯誤：DLL ...

Answer 1

當前版本的CythonGSL使用環境變量LIB_GSL來識別GSL的位置。 僅當LIB_GSL不存在時， LIB_GSL使用硬編碼的c:\\Program Files\\GnuWin32\\include 。 因此，只要您設置了LIB_GSL就可以將GSL安裝放在其他位置。 我認為設置LIB_GSL時應使用/而不是\\ 。

因此，您需要為CythonGSL創建/修改兩個環境變量： LIB_GSL和PATH 。 我認為您可以在批處理文件中使用setlocal 。 例如，我認為您可以執行以下操作（我在C:\\lib64\\gsl安裝了C:\\lib64\\gsl ）來臨時設置它：

setlocal
SET LIB_GSL=C:/lib64/gsl
SET PATH=%PATH%;C:\lib64\gsl\bin;
Python

希望這會有所幫助。

Answer 2

我相信我已經解決了這個問題。

我的PATH變量無權訪問GSL文件夾。 在運行時，它需要訪問gsl / bin文件夾，因此我需要將C：\\ Users \\ MyName \\ Anaconda \\ gsl \\ bin添加到系統路徑變量中。 我已經嘗試過setx PATH“％PATH％; C：\\ Users \\ MyName \\ Anaconda \\ gsl \\ bin”，但這確實可行。 但是，當我關閉CMD窗口並重做時，它不再起作用。

當我使用它進行分發時，是否有通過批處理文件永久設置此設置的方法？ 我有用於conda構建的bld.bat文件，但即使在那里，setx命令也不起作用。