如何在R的熱圖2中對預歸一化的數據使顏色鍵的范圍從0到1

Question

我的以下代碼：

library(RColorBrewer)
library(gplots)
dat <- mtcars 

# normalize here
dat <- t(apply(dat, 1, function(x) log2(x+1)/sum(log2(x+1)) ))

heatcol <- brewer.pal(9, "Reds")

dat.m <- as.matrix(dat) 
heatmap.2(dat.m,
        Colv=FALSE, # We want to maintain column order
        Rowv=FALSE,  
        key=TRUE,
        symbreaks=TRUE,
        col=heatcol,
        dendrogram="none",
        scale="none", # because we already normalize
        trace="none",
        labRow=FALSE, 
        density.info="none",
        keysize=2);

產生此圖：

請注意，1）我們已經執行了預歸一化，2） scale = "none" 。 但是為什么在顏色鍵中比例從-0.2到0.2？ 如何更改代碼以使顏色鍵在0到1之間縮放？

理想情況下，最終圖的值將被編碼為白色，值為0。

Answer 1

只需將heatmap.2()與symkey=FALSE選項symkey=FALSE ，然后顏色鍵將從0變為c。 0.24（矩陣的最大值）。

如果您需要0作為白色，則必須定義其他調色板，因為您的調色板僅包含紅色。