如何告訴超級計算機上的C ++編譯器我的R包需要C ++ 0x？

Question

我已經寫和內置的R包取決於Rcpp和要求C++0x標准（用於使用tgamma函數在C ++）。 我已經在各種台式計算機和操作系統上測試了軟件包，它似乎總是安裝並正常工作。 但是，我還想在HPC服務器上使用該軟件包。 當我嘗試使用R CMD INSTALL test （其中test是包的名稱）在我的本地R庫樹中R CMD INSTALL test包時，我從編譯器收到以下錯誤消息：

/usr/include/c++/4.4.7/c++0x_warning.h(31）：災難性錯誤：#error指令：此文件需要編譯器和庫支持即將推出的ISO C ++標准C ++ 0x。 此支持目前是實驗性的，必須使用-std = c ++ 0x或-std = gnu ++ 0x編譯器選項啟用。 #error此文件需要編譯器和庫支持即將到來的\\ ^

編譯中止Metropolis_Sampler_Beta_Edgewise_Cpp_Statistics.cpp（代碼4）make：*** [Metropolis_Sampler_Beta_Edgewise_Cpp_Statistics.o]錯誤4錯誤：包'test'的編譯失敗

它基本上告訴我在調用編譯器時應該啟用C ++ 0x支持（如本文所述 ）。 然而，我認為將語句CXX_STD = CXX11添加到R包中的src/Makevars文件實際上會告訴編譯器需要使用此版本。 事實上，在我嘗試的各種台式電腦上似乎就是這種情況。 所以我的問題是：如何告訴服務器上的編譯器這個C ++版本應該用於編譯？ 或者，我怎么能安裝包？

在服務器上，我通過在嘗試安裝軟件包之前在終端上輸入module load math/R來module load math/R R module load math/R ，並報告已加載以下模塊：

加載模塊依賴'compiler / intel / 13.1'。

加載模塊依賴項'numlib / mkl / 11.0.5'。

編輯1 ：服務器是名為bwUniCluster的德國大學集群。 它基於KITE 2.0 / RHEL6.5 / Lustre 2.5.2。 據我所知，從上面報告的模塊消息來看，它似乎是英特爾C ++編譯器XE（ICPC）版本13.1.3。 但實際上我對編譯器一無所知，所以如果你需要了解更具體的內容，請告訴我。

編輯2在嘗試安裝軟件包之前，還可以在終端上執行module load compiler/gnu/4.9 。 這會導致以下錯誤消息（類似於上面的錯誤消息），這使我認為這不是版本問題：

/pfs/data1/software_uc1/bwhpc/common/compiler/gnu/4.9.2/bin/../include/c++/4.9.2/bits/c++0x_warning.h(32）：災難性錯誤：#error指令：此文件需要ISO C ++ 2011標准的編譯器和庫支持。 此支持目前是實驗性的，必須使用-std = c ++ 11或-std = gnu ++ 11編譯器選項啟用。 #error此文件需要對\\ ^的編譯器和庫支持

編譯中止Metropolis_Sampler_Beta_Edgewise_Cpp_Statistics.cpp（代碼4）make：*** [Metropolis_Sampler_Beta_Edgewise_Cpp_Statistics.o]錯誤4錯誤：包'test'的編譯失敗

編輯3 ：其中一條評論表明R包和R本身都需要使用相同的編譯器版本進行編譯。 這個對嗎？ R是在這台機器上使用g ++ 4.4.7構建的。 這是否意味着唯一可行的解​​決方案是說服系統管理員使用其他4.9.2編譯器重新編譯R並將其作為新模塊提供？ 考慮到“ Writing R Extensions ”手冊中的以下句子，我覺得很難相信：

在這些平台上，有必要通過個人或站點Makevars文件為C ++ 11選擇不同的編譯器。

Answer 1

解決方案確實是使用更新的編譯器在服務器上重新編譯R，在本例中為Intel 14（如原始帖子中的編輯3中所述）。 系統管理員非常友好地為這個R版本設置了一個新模塊。