如何告诉超级计算机上的C ++编译器我的R包需要C ++ 0x？

Question

我已经写和内置的R包取决于Rcpp和要求C++0x标准（用于使用tgamma函数在C ++）。 我已经在各种台式计算机和操作系统上测试了软件包，它似乎总是安装并正常工作。 但是，我还想在HPC服务器上使用该软件包。 当我尝试使用R CMD INSTALL test （其中test是包的名称）在我的本地R库树中R CMD INSTALL test包时，我从编译器收到以下错误消息：

/usr/include/c++/4.4.7/c++0x_warning.h(31）：灾难性错误：#error指令：此文件需要编译器和库支持即将推出的ISO C ++标准C ++ 0x。 此支持目前是实验性的，必须使用-std = c ++ 0x或-std = gnu ++ 0x编译器选项启用。 #error此文件需要编译器和库支持即将到来的\\ ^

编译中止Metropolis_Sampler_Beta_Edgewise_Cpp_Statistics.cpp（代码4）make：*** [Metropolis_Sampler_Beta_Edgewise_Cpp_Statistics.o]错误4错误：包'test'的编译失败

它基本上告诉我在调用编译器时应该启用C ++ 0x支持（如本文所述 ）。 然而，我认为将语句CXX_STD = CXX11添加到R包中的src/Makevars文件实际上会告诉编译器需要使用此版本。 事实上，在我尝试的各种台式电脑上似乎就是这种情况。 所以我的问题是：如何告诉服务器上的编译器这个C ++版本应该用于编译？ 或者，我怎么能安装包？

在服务器上，我通过在尝试安装软件包之前在终端上输入module load math/R来module load math/R R module load math/R ，并报告已加载以下模块：

加载模块依赖'compiler / intel / 13.1'。

加载模块依赖项'numlib / mkl / 11.0.5'。

编辑1 ：服务器是名为bwUniCluster的德国大学集群。 它基于KITE 2.0 / RHEL6.5 / Lustre 2.5.2。 据我所知，从上面报告的模块消息来看，它似乎是英特尔C ++编译器XE（ICPC）版本13.1.3。 但实际上我对编译器一无所知，所以如果你需要了解更具体的内容，请告诉我。

编辑2在尝试安装软件包之前，还可以在终端上执行module load compiler/gnu/4.9 。 这会导致以下错误消息（类似于上面的错误消息），这使我认为这不是版本问题：

/pfs/data1/software_uc1/bwhpc/common/compiler/gnu/4.9.2/bin/../include/c++/4.9.2/bits/c++0x_warning.h(32）：灾难性错误：#error指令：此文件需要ISO C ++ 2011标准的编译器和库支持。 此支持目前是实验性的，必须使用-std = c ++ 11或-std = gnu ++ 11编译器选项启用。 #error此文件需要对\\ ^的编译器和库支持

编译中止Metropolis_Sampler_Beta_Edgewise_Cpp_Statistics.cpp（代码4）make：*** [Metropolis_Sampler_Beta_Edgewise_Cpp_Statistics.o]错误4错误：包'test'的编译失败

编辑3 ：其中一条评论表明R包和R本身都需要使用相同的编译器版本进行编译。 这个对吗？ R是在这台机器上使用g ++ 4.4.7构建的。 这是否意味着唯一可行的解​​决方案是说服系统管理员使用其他4.9.2编译器重新编译R并将其作为新模块提供？ 考虑到“ Writing R Extensions ”手册中的以下句子，我觉得很难相信：

在这些平台上，有必要通过个人或站点Makevars文件为C ++ 11选择不同的编译器。

Answer 1

解决方案确实是使用更新的编译器在服务器上重新编译R，在本例中为Intel 14（如原始帖子中的编辑3中所述）。 系统管理员非常友好地为这个R版本设置了一个新模块。