plot.window（...）中的錯誤：plot.phylo中需要有限的“ xlim”值

Question

我可以用hclust類繪制樹狀圖，但是當我嘗試在ape包中將其轉換為as.phylo時，會給我繪制錯誤

plot.window（...）中的錯誤：需要有限的“ xlim”值

知道什么會導致問題嗎？

謝謝，

mymerge<-Merg_Mat
myheight<-cumsum(abs(diff(ll)))
myhclust=list(order=lab,merge=mymerge,height=myheight)
class(myhclust)="hclust"
plot(as.phylo(myhclust),edge.col=colors,edge.width = 2, edge.lty =1,font=1)

Answer 1

我的猜測是該數字對於您的窗口而言太大，請嘗試將其輸出到文件中。

pdf("my_plot.pdf")
plot(as.phylo(myhclust),edge.col=colors,edge.width = 2, edge.lty =1,font=1)
dev.off()

如果閱讀plot.phylo函數代碼，則會看到xlim設置為c(0, depth_of_your_tree) 。 因此，如果對於設備而言太大（窗口或后記， 請參閱此處） ，那僅僅是因為您的樹太深了。

PDF最大頁面大小太大，應該可以容納您的身材。