所有組合的igraph graph.lattice（在R中）

Question

問候：使用R的igraph程序包，該圖看起來應該很簡單。我試圖弄清楚我需要傳遞哪些參數以獲得子模式和超級模式之間的邊緣。 在此示例中，代表了5個項目的項目集。

我相信這是解決與graph.lattice在功能上igraph ，但我還沒有想出的參數傳遞。 請注意，所顯示的圖表來自“ 數據挖掘：概念和技術” （Han，Kamber和Pei，2011年）。

在此先感謝您的指導。

Answer 1

我認為graph.lattice不能創建這種圖形。 但是您可以定義一個新函數：

graph.comb <- function(word) {
  # creates graph objects from character combination in word
  # example graph.comb("abc")

  do_layer <- function(words) {
    do.call( rbind, lapply(words, function(word){
      l_vec <- sapply(seq_len(nchar(word)), function(l) substring(word, l, l))
      w_comb <- apply(combn(l_vec, nchar(word)-1), 2, paste, collapse = "")
      w_df <- expand.grid(from = w_comb, to = word, stringsAsFactors = FALSE)
    }))
  }

  df_edges <- data.frame(from = word, to = NA, stringsAsFactors = FALSE)
  df2 <- df_edges
  while( min(nchar(df_edges$from)) > 0) {
    df2 <- do_layer(df2$from)
    df_edges <- rbind(df_edges, df2)
  }
  df_edges <- df_edges[complete.cases(df_edges), ]
  df_edges <- df_edges[!duplicated(df_edges), ]
  return(graph.data.frame(df_edges ))
}

與任何字符串一起使用：

g1 <- graph.comb("abcd")
plot(g1, layout = layout.sugiyama(g1)$layout )

結果：