[英]How to resolve warning messages (metadata object not found; SpatialLinesNULL class not exported) in my R package which extends S4 classes
這是我在StackOverflow上的第一個問題，所以請更正我所做的任何協議錯誤。 但是我已經從網站上許多其他問題的答案中受益匪淺，因此在我進一步發展之前，我要感謝為該網站做出貢獻的社區 。
我正在使用R，使用RStudio，並在Windows 7機器上打包devtools和roxygen2 （問題末尾的完整session_info ）
我正在嘗試編寫一個自己的包，它從包sp定義S4類SpatialLines子類，並且還使用包rgeos 。 當我使用devtools來document和load_all我的包時，我的問題與我不太了解並且無法完全解決的警告消息有關。
第一條消息是
class "Spatial" is defined (with package slot ‘sp’) but no metadata object found to revise subclass information---not exported? Making a copy in package ‘minweSpatialNULL’
當我解決這個問題時，通過在NAMESPACE文件中添加一個條目（沒有完全理解為什么有必要），然后對DESCRIPTION文件進行一次進一步的更改，我得到了第二條消息，到目前為止我已經被打敗了。
d> devtools::document()
Updating minweSpatialNULL documentation
Loading minweSpatialNULL
Error: class "SpatialLinesNULL" is not exported by 'namespace:rgeos'
我搜索並搜索了幾個尋找提示的網站，但我發現的最接近的是2011年12月的一個簡短的帖子，詢問SpatialLinesNULL來自哪里---答案是rgeos 。 http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/rspatial-devel/2011-December/000033.html
我已經嘗試過嘗試去理解自己出了什么問題，然后在調試器中逐步執行代碼直到我迷路了，比我能夠更好地跟蹤以確定應該發生什么。 在這個過程中產生了一個小的（非）工作的問題的例子，如下所示。
我有3個問題。 它們在這里進行了總結，但實際上只有在下面的（不）工作玩具示例中才有意義：
Spatial ，為什么只有當我的代碼中定義了第二代 MyClass2 ？ @importClassesFrom就已經處理了查找和訪問@importClassesFrom /超類的任何需要。 rgeos包的rgeos尋求幫助（例如要求他們導出SpatialLinesNULL ）？ 我的玩具工作示例的r代碼（僅剝離roxygen注釋以節省空間）是：
MyClass1 <- setClass('MyClass1', contains = c('SpatialLines'))
MyClass2 <- setClass('MyClass2', contains = c('MyClass1'))
MyClass2第二代子類似乎很重要（如果沒有警告就會消失）。 我不懂為什么。
我使用devtools和roxygen2對此代碼運行了一系列測試。 測試因NAMESPACE文件中的內容而異，以及DESCRIPTION文件中的Imports指令中的內容。 執行測試包括在RStudio中運行devtools::load_all() （或devtools::document() ，它沿途調用load_all() ）。 發生的警告消息已在上面發布。 我在每個測試之間的干凈全局環境中重新啟動我的R會話（警告僅在我第一次運行load_all或document ）。
在跟進下面給出的答案時，我意識到我也應該嘗試使用shell命令行中的R來構建和安裝我的玩具包。
test1有DESCRIPTION文件條目（有關完整的DESCRIPTION文件，請參閱此問題的結尾）：
Imports:
methods,
sp
並且完整的NAMESPACE文件（從上面省略的roxygen注釋生成）是：
# Generated by roxygen2 (4.1.0.9001): do not edit by hand
importClassesFrom(sp,SpatialLines)
importFrom(sp,SpatialLines)
嘗試在重新啟動的R會話中運行devtools::load_all() （或devtools::document() ）會生成第一個警告（如上所示）。
問題1為什么R無論如何都需要~~（虛擬？）~~超類Spatial ，為什么只有在我的代碼中定義了第二代MyClass2 ？ 澄清補充說我曾經認為R包裝命名空間機制在我實際使用的類有@importClassesFrom就已經處理了查找和訪問@importClassesFrom /超類的任何需要。
test2通過更新NAMESPACE文件來解決問題，如警告消息所示。 沒有進行任何其他更改。
當完整的NAMESPACE文件為：時，警告消失：
# Generated by roxygen2 (4.1.0.9001): do not edit by hand
importClassesFrom(sp,Spatial)
importClassesFrom(sp,SpatialLines)
importFrom(sp,SpatialLines)
當我在DESCRIPTION文件中對Imports指令做了一個小的改動，即添加rgeos時，一個明顯相似的問題再次出現。 這是從test2創建test3場景的唯一更改。
Imports:
methods,
sp,
rgeos
現在我收到一個警告，看起來像test1的問題，即：
class "SpatialLinesNULL" is defined (with package slot ‘rgeos’) but no metadata object found to revise subclass information---not exported? Making a copy in package ‘minweSpatialNULL
據我SpatialLinesNULL ， SpatialLinesNULL是一個新的Spatial超類，在rgeos定義，因此它可以提供一些通用的函數和方法。
問題2我假設無論出於我的第一個警告信息的原因，也是這個類似信息的原因。
我是在正確的軌道上嗎？
在TEST4我嘗試在test2的工作 ，即添加缺少的條目空間文件采用同樣的解決方案。 這是test4的完整NAMESPACE文件。
# Generated by roxygen2 (4.1.0.9001): do not edit by hand
importClassesFrom(rgeos,SpatialLinesNULL)
importClassesFrom(sp,Spatial)
importClassesFrom(sp,SpatialLines)
importFrom(sp,SpatialLines)
在哪個階段我收到最后的錯誤消息：
d> devtools::document()
Updating minweSpatialNULL documentation
Loading minweSpatialNULL
Error: class "SpatialLinesNULL" is not exported by 'namespace:rgeos
在這個階段，我被困住了。
問題3來自test3的警告和隨后的錯誤我可以解決的問題（如果是這樣的話）？ 或者我是否需要向rgeos包的rgeos尋求幫助（例如要求他們導出SpatialLinesNULL ）？
d> devtools::session_info()
Session info --------------------------------------------------------------------------
setting value
version R version 3.1.2 (2014-10-31)
system x86_64, mingw32
ui RStudio (0.98.953)
language (EN)
collate English_Australia.1252
tz Australia/Sydney
Packages ------------------------------------------------------------------------------
package * version date source
devtools * 1.7.0.9000 2015-02-20 local
lattice * 0.20-29 2014-04-04 CRAN (R 3.1.2)
minweSpatialNULL * 0.0.0.9000 <NA> local
Rcpp * 0.11.4 2015-01-24 CRAN (R 3.1.2)
rgeos * 0.3-8 2014-09-21 CRAN (R 3.1.2)
roxygen2 * 4.1.0.9001 2015-02-21 local
rstudio * 0.98.953 2014-08-02 local
rstudioapi * 0.2 2014-12-31 CRAN (R 3.1.2)
sp * 1.0-17 2015-01-08 CRAN (R 3.1.2)
stringr * 0.6.2 2012-12-06 CRAN (R 3.1.1)
d>
R / myclasses.r
#------------------------------------------------------------------------------
#' MyClass1
#'
#' A subclass of SpatialLines
#'
#' MyClass1 is a subclass of sp::SpatialLines.
#' @importClassesFrom sp SpatialLines Spatial
#' @importFrom sp SpatialLines
#' @importClassesFrom rgeos SpatialLinesNULL
MyClass1 <- setClass('MyClass1', contains = c('SpatialLines'))
#------------------------------------------------------------------------------
#' MyClass2
#'
#' A subclass of MyClass1
#'
#' MyClass2 is a subclass of MyClass1 and a 2nd generation subclass of
#' sp::SpatialLines.
#' @importClassesFrom sp SpatialLines
MyClass2 <- setClass('MyClass2', contains = c('MyClass1'))
描述文件
Package: minweSpatialNULL
Title: Minimum Example of my Problem with SpatialLinesNULL
Version: 0.0.0.9000
Authors@R: person("Geoff", "Lee", , "geoff.lee@gmail.com", role = c("aut", "cre"))
Description: (Hopefully) demonstrates my problem with warnings
that I cannot seem to eradicate.
Depends: R (>= 3.1.2)
Imports:
methods,
sp,
rgeos
License: GPL (>= 2.0)
LazyData: true
NAMESPACE文件
# Generated by roxygen2 (4.1.0.9001): do not edit by hand
importClassesFrom(rgeos,SpatialLinesNULL)
importClassesFrom(sp,Spatial)
importClassesFrom(sp,SpatialLines)
importFrom(sp,SpatialLines)
非常感謝您提供的任何幫助，建議或指導！ 即使只是關於我如何提出一個更好的問題:-)
謝謝你提出這個廣泛的問題。 我有兩個建議來改進它。 首先，提供一個可重現的示例，在這種情況下，它將是一個最小的包，讓我們重現您的警告或錯誤消息。 例如，
MyClass1 <- setClass('MyClass1', contains = c('SpatialLines'))
MyClass2 <- setClass('MyClass2', contains = c('MyClass1'))
在sp加載的會話中工作正常，但是在包代碼中執行此操作時出現的問題。 創建這樣的包意味着做了很多猜測工作：我們沒有看到你完整的NAMESPACE ，因此不知道你導出了什么，並希望在加載你的包之后在R會話中工作。 第二：將您的問題與使用devtools引起的問題隔離開來（即，使用構建和安裝軟件包的標准R軟件包開發術語）。
根據您提供的內容，我只能回答：
Spatial不是一個虛擬類，它存在，因為它定義了所有派生類的共同點（CRS和一個邊界框），並且它是必需的，因為為它定義了對所有派生類進行操作的方法。 需要它的MyClass2與你的包有關，我沒有 Q2：我無法回答，因為你沒有顯示導致Q1的警告。 此外， SpatialLinesNULL不是Spatial的超類，而是SpatialLines的超類，由
setClassUnion("SpatialLinesNULL", c("SpatialLines", "NULL"))
問題3：您可以嘗試編譯導出此類的rgeos的修改版本; 如果你提供了一個很好的用例（一個可以重現你的問題的最小包）， rgeos一個開發人員會調查它。
這個答案匯集了我所學到的與我提出的一系列問題有關的所有信息，以便遇到遇到類似問題的其他人。
事實證明，回答問題的順序與答案相反更容易。
真正解決我的具體問題的方面是由@Edzer Pebesma提供的 - 我感謝你。
約翰·錢伯斯回答了我在r-devel郵件列表上提出的問題的更具體的后續問題，這確實有助於彌補我對為什么發出警告信息的理解上的空白 - 我也非常感謝他的指導和幫助。
以下解釋中的任何錯誤完全屬於我自己！
此問題和答案中引用的玩具包的test4版本曾在http://github.com/Geoff99/Examples/tree/SpatialLinesNULL < - 其他的github倉庫中的 - >文件夾SpatialLinesNULL的文件夾SpatialLinesNULL中找到可以通過從NAMESPACE和DESCRIPTION文件中刪除一行或兩行來構造測試序列的版本。
2017年5月6日更新 - test4版本代碼移至https://gist.github.com/Geoff99/29be25bce4cd4c918921bf68769c6a39
來自test3的警告和隨后的錯誤我可以解決的問題（如果是這樣的話）？ 或者我是否需要向rgeos包的維護者尋求幫助（例如要求他們導出SpatialLinesNULL）？
test3的警告是
class "SpatialLinesNULL" is defined (with package slot ‘rgeos’) but no metadata object found to revise subclass information---not exported? Making a copy in package ‘minweSpatialNULL
並且來自test4的錯誤消息是
d> devtools::document()
Updating minweSpatialNULL documentation
Loading minweSpatialNULL
Error: class "SpatialLinesNULL" is not exported by 'namespace:rgeos
對此的最佳解決方案是接近rgeos包的rgeos並要求他們導出警告和錯誤消息中提到的缺少的SpatialLinesNULL類。 Edzer Pebesma為我回答了這個問題，並對rgeos包進行了必要的更新，對此我非常感激。 在安裝了包rgeos的升級版本之后，我可以簡單地將importClassesFrom(rgeos,SpatialLinesNULL)到我的玩具包的NAMESPACE文件中，並且警告消失了。
如果您遇到類似情況的不同套餐，那就是我推薦的策略。
我懷疑有一種方法可以自己解決這個問題（主要是通過在我的包的命名空間環境中手動制作關於SpatialLinesNULL class的缺失元數據的副本，這基本上是methods包在發出警告后自行執行的操作）---但是這是一個混亂的黑客 ，我將不會解釋如何。 如果你真的需要在將來的某個階段做到這一點，問題1（下面）的答案會收集我需要理解的信息，以弄清楚如何進行黑客攻擊 。
我假設無論出於我的第一個警告信息的原因是什么，也是這個類似信息的原因。 我是在正確的軌道上嗎？
test3的警告是
class "SpatialLinesNULL" is defined (with package slot ‘rgeos’) but no metadata object found to revise subclass information---not exported? Making a copy in package ‘minweSpatialNULL
test1的第一個警告是
class "Spatial" is defined (with package slot ‘sp’) but no metadata object found to revise subclass information---not exported? Making a copy in package ‘minweSpatialNULL’
答案是肯定的 ，兩條消息出於同樣的原因。
警告消息都是由名為.findOrCopyClass的函數生成的，它是方法包中的內部（即非導出）函數。 要查看此函數的代碼，必須使用:::運算符。 將methods:::.findOrCopyClass鍵入R控制台。 （這需要加載方法包，它幾乎總是如此）。 .findOrCopyClass在找不到定義類的元數據時發出此警告，因此必須復制元數據。
請參閱下文，了解元數據是什么，為什么需要將其包含在我的玩具包的命名空間中，以及（我最好的猜測）為什么會發出此警告。
.findOrCopyClass由setIs ，它是methods包中的導出函數。 反過來setIs被方法函數setClass調用（幾次），我在玩具包示例中調用它。 鍵入?setIs和?setClass以獲取有關這些函數的更多信息。 或者，如果要查看源代碼，只需在R控制台中鍵入setIs或setClass即可。
為什么R還需要~~（虛擬？）~~超類空間~~，為什么只有當我在我的代碼中定義了第二代MyClass2時~~？
澄清補充說：我曾經認為R包裝命名空間機制在我實際使用的類中有
@importClassesFrom會考慮找到和訪問@importClassesFrom/超類的任何需要。
原問題的一部分問：
為什么只有當我的代碼中定義了第二代MyClass2時？
是完全錯的。 盡管我在發布問題之前進行了檢查，但我必須在不知不覺中仍然在我的globalenv()緩存一些隱藏的信息。 即使我的玩具包中只定義了MyClass1 ，也存在潛在的問題。
Spatial不是虛擬類。 SpatialLinesNULL 是一個虛擬類。 超類是否是虛擬的與此問題無關。
Spatial來自sp而SpatialLinesNULL來自rgeos ） sp和rgeos ） minweSpatialNuULL它使用一個類（如） SpatialLines ），其父母包括超（如Spatial ， SpatialLinesNULL ）。 以下是methods包的文檔部分注釋。 我花了一段時間來掌握，但這與我開始時的低知識基礎有關。 文檔非常有用，如果你做到這一點，我建議你閱讀它。 我發現?setClass ， ?Classes ， ?getClassDef ， ?classMetaName和?setIs特別有價值。
setClass做了什么
來自?setClass文檔（重點由我添加）：
創建一個類定義，指定表示（插槽）和/或此類中包含的類（超類），以及其他可選的詳細信息。 作為副作用，類定義存儲在指定的環境中 。 生成器函數作為setClass（）的值返回，如果類不是虛擬的，則適合於從類創建對象。
methods:::.findOrCopyClass發出的警告消息與類定義的創建和存儲有關。 類定義是（或存儲在？中）元數據對象。
從?Classes文檔：
類定義是包含R對象類的形式定義的對象，...和
定義類時，將存儲包含有關該類的信息的對象。 該對象（稱為定義類的元數據 ）不存儲在類的名稱下（以允許程序員編寫該名稱的生成函數），而是存儲在特殊構造的名稱下。 要檢查類定義，請調用
getClass。 元數據對象中的信息包括 ：
- 插槽......
- 超級班 ......
- 有關類和特定超類之間關系的信息被編碼為類SClassExtension的對象。 超類（有時是子類）的此類對象的列表包含在定義類的元數據對象中
- 原型......
methods包就是創建和管理這些元數據對象（對於S4類，並且盡可能為舊的S3類創建和管理）。
新類的元數據對象（例如MyClass1 ）包含有關其定義中任何槽的信息（因為MyClass1指定contains = c('SpatialLines')它繼承SpatialLines類中的所有槽，在包sp定義）。
重要的是，類的元數據對象還必須包含有關任何超類的信息 - 否則新類如何從其父類（即超類）繼承任何內容？ 不管怎樣，有關超類的信息必須一直到達繼承樹。 在該示例中， MyClass1具有一個超類SpatialLines的距離，因此繼承了SpatialLines所有更遠的祖先，無論他們是誰。
MyClass1 ）可能（尚未）在繼承鏈中一直填充，而在使用類定義時，R必須遍歷繼承鏈，並填寫了完整的家譜譜 。 檢查或安裝包時，必須完成繼承鏈 - 如果之前尚未完成，則必須在install.packages步驟中完成。 使用getClass或getClassDef 查看給定類的元數據對象。
文檔?getClass或?getClassDef解釋了哪些環境R搜索元數據對象。 需要注意的一個關鍵事項是， 在找到包中定義的類的元數據對象之前，必須至少加載一個包。
以下是我的玩具包（ minweSpatialNULL ）中的一些示例，它們加載了版本0.3-9的rgeos ，它確實導出了SpatialLinesNULL類。 請注意：
MyClass1知道它的所有父超類（通常的情況），和 盡管rgeos本身對MyClass1或MyClass2一無所知，但SpatialLinesNULL （它是rgeos包中定義的Class Union ） 幾乎知道它的所有子類 。
d> getClass('MyClass1') Class "MyClass1" [package "minweSpatialNULL"] Slots: Name: lines bbox proj4string Class: list matrix CRS Extends: Class "SpatialLines", directly Class "Spatial", by class "SpatialLines", distance 2 Class "SpatialLinesNULL", by class "SpatialLines", distance 2 Known Subclasses: "MyClass2" d> getClass('SpatialLinesNULL') Extended class definition ( "ClassUnionRepresentation" ) Virtual Class "SpatialLinesNULL" [package "rgeos"] No Slots, prototype of class "NULL" Known Subclasses: Class "NULL", directly Class "SpatialLines", directly Class ".NULL", by class "NULL", distance 2, with explicit coerce Class "SpatialLinesDataFrame", by class "SpatialLines", distance 2 Class "MyClass2", by class "MyClass1", distance 3 d> 實際上，有點好奇SpatialLinesNULL知道MyClass2因為它是MyClass1的子類，但似乎沒有直接提到MyClass1本身。 我還沒弄清楚為什么呢。
關於為什么我的玩具MyClass1類的超類列表在我沒有更改我的包而不是將rgeos添加到玩具包的DESCRIPTION文件中的Imports指令時，我感到困惑。
原因是方法包非常聰明。 除了定義子類之外，還可以在定義該類之后 ，將父超類插入到類的族樹（繼承鏈）中。
一種簡單的方法是使用setClassUnion （類型?setClassUnion來解釋）。 這就是rgeos在定義SpatialLinesNULL時SpatialLinesNULL - 它為SpatialLines創建了一個新的父SpatialLines 。 這就是為什么只要我在玩具包DESCRIPTION文件中添加了rgeos條目， rgeos類MyClass1突然獲得另一個超類。 在交互式設置中，可能會發生類似的事情，這取決於我是否加載（或附加和加載） rgeos包。
事后也有一種更復雜的方式來添加祖先 - 參見?setIs 。
與所有其他對象一樣，R通過其名稱查找元數據對象。 如果在包中定義了對象，則該對象的名稱存在
environment: namespace:minweSpatialNULL ），或 environment: imports:minweSpatialNULL ）。 再次從?Classes文檔中：
定義類時，將存儲包含有關該類的信息的對象。 該對象（稱為定義類的元數據）不存儲在類的名稱下 （以允許程序員編寫該名稱的生成函數）， 而是存儲在特殊構造的名稱下。
您可以使用方法包提供的classMetaName函數找到特殊構造的名稱 - 有關詳細信息，請參閱?methods::classMetaName 。
從我的玩具包中獲取的元數據對象名稱的示例是：
d> classMetaName('MyClass1') [1] ".__C__MyClass1"
因為領先. 該元數據對象的名稱（即.__C__MyClass1 ），通常是隱藏的，當你ls包的命名空間環境-但你可以用它看all.names = TRUE參數ls 。
d> # Recall that MyClass1 is the name I chose for the generator function d> # returned by setClass when I defined the class MyClass1 d> env_toy_package <- environment(MyClass1) d> ls(env_toy_package, all.names=TRUE) [1] ".__C__MyClass1" ".__C__MyClass2" ".__DEVTOOLS__" [4] ".__NAMESPACE__." ".__S3MethodsTable__." ".packageName" [7] "MyClass1" "MyClass2" d>
如果你查看包命名空間環境的parent.env （即imports:minweSpatialNULL命名空間環境），你會發現MyClass1超類的隱藏名稱，這就是.findOrCopyClass正在尋找的東西，所以它們可以放在那里！ 。
d> parent.env(env_toy_package) <environment: 0x0000000008df59d8> attr(,"name") [1] "imports:minweSpatialNULL" d> ls(parent.env(env_toy_package), all.names = TRUE) [1] ".__C__Spatial" ".__C__SpatialLines" ".__C__SpatialLinesNULL" [4] "library.dynam.unload" "SpatialLines" "system.file" d>
最后 ，'。findOrCopyClass`警告的內容是什么
當.findOrCopyClass發出警告時，例如：
class "Spatial" is defined (with package slot 'sp') but no metadata object found to revise subclass information---not exported? Making a copy in package 'minweSpatialNULL'
該函數讓我知道它無法找到隱藏的名稱.__C__Spatial它搜索的命名空間中的空間並修改該名稱綁定的對象中的元數據。 它知道隱藏名稱應該在哪里---它必須來自包sp ，因為來自SpatialLines類的元數據對象本身表示其父超類（ Spatial ）所在的位置。 一個祖先超類中的元數據對象的完整規范包括package含其中定義所述祖先超類的包的名稱屬性， 以防萬一兩個現有加載的包恰好選擇了相同的名稱的一類！
這就是為什么importClassesFrom從缺少的超類工作 - 它將缺少的隱藏名稱帶入imports:minweSpatialNULL minweSpatialNULL玩具包的imports:minweSpatialNULL環境，點.findOrCopyClass可以從中找到它們，並在必要時更新它們。
.findOrCopy會發出警告
我想知道為什么.findOrCopyClass告訴我它找不到元數據對象，當它說下一件事是它在我的包命名空間中制作副本時！ 我在r-devel郵件列表上提出了這個問題，John Chambers親切地為我回答了這個問題（我強調了這個問題）：
查找類定義的目的是更新新關系的條目，如警告消息所示。 這要求保存定義的命名空間是可寫的 。
在子類信息的情況下， 如果原始命名空間不是當前正在加載的包，則很可能被鎖定 。 復制定義以更新子類信息似乎是唯一合理的選擇，並且不需要警告消息。
修訂版將省略此消息。
我剩下的概念問題與對象名稱 （例如函數或類（確切地說，函數對象或類元數據對象））之間的差異以及對象本身發生的情況之間的差異有關。 或者換句話說，是否需要更新命名空間（可能是鎖定的），或者對象本身的（狀態）是否需要更新。
事實證明，' findorCopyClasses並沒有抱怨它找不到（非導出的）超類，而是它無法在超類的值可以更改的地方找到它。
?base::bindenv文檔說：
“具有命名空間的包的命名空間環境在加載時會被鎖定。”
一個鎖定的環境意味着
“阻止在環境中添加或刪除變量綁定。除非綁定已被鎖定，否則仍可以更改變量的值”
但是一些實驗表明，除了包命名空間環境被鎖定外，imports：namespace中的綁定也被鎖定。 鎖定綁定意味着：
“無法更改鎖定綁定的值”。
因此，由於超類元數據對象來自另一個包（例如rgeos ），因此它在其他包的命名空間中的綁定被鎖定，因此其值不能被更改。 或者就示例而言，當方法包想要將Myclass1和MyClass2添加到SpatialLinesNULL '擁有'的子類列表時，它發現它不能因為SpatialLinesNULL的綁定（或者確切地說是隱藏名稱的綁定） .__C__SpatialLinesNULL ）已被鎖定。 因此有關需要復制的消息！
復制的替代方法可能是臨時解鎖otherpackage的命名空間中的綁定，更新對象，並重新綁定綁定 - 但由於我剛剛學習了鎖定環境和綁定，我不知道它的后果可能是什么是。 我會獨自離開。
好的，如果未導出所需的超類，如何破解解決方案警告我沒有測試過這么多，無論如何這是一個壞主意，但如果你真的非常渴望得到警告信息消失......
步驟1。 查看警告消息，找到缺少的超類的（文本）名稱及其來源。
第2步。 使用classMetaName查找缺少的未導出超類的隱藏和損壞的名稱。 對於超類MissingSuperclass它可能是.__C__MissingSuperclass
第三步。 在調用setClass創建自己的類之前，使用:::方法訪問元數據對象（即donorpackage:::.__C__MissingSuperclass ）並在屬於您的包的適當環境中為其指定適當的名稱（即.__C__MissingSuperclass ）。
正如我已經說過的那樣，這是一個非常糟糕的主意，因為在腳下射擊自己會非常容易，為什么還要煩惱，因為在發出警告信息之后，這基本上就是.findOrCopyClass和setIs似乎做的事情。無論如何。
如果您已經讀過這篇文章，我希望這對您有所幫助！ 我已經寫了這么長的時間，主要是作為未來我的教程:-)
如何在另一個R包中使用/維護與S4類同名的S4類？
[英]How to use/maintain my S4 class with same name as S4 class in another R package?
在R中，如何在類定義中引用另一個包中的S4類？
[英]In R, how can I reference an S4 class from another package in my class definition?
具有S4類的自定義軟件包的R錯誤：類“類名”在軟件包“ pkgname”中具有鎖定的定義
[英]R error for custom package with S4 classes: class “classname” has a locked definition in package “pkgname”
如何清除錯誤：對象 <some function> 不是'名稱空間導出： <some package> '在構建我的R包時出現了什么？
[英]How do I clear Error: object <some function> is not exported by 'namespace:<some package>' which shows up when building my R package?
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