R：ggfortify：“autoplot不支持prcomp類型的對象”

Question

我正在嘗試使用ggfortify來顯示我使用prcomp做的PCA的結果。

示例代碼：

iris.pca <- iris[c(1, 2, 3, 4)] 
autoplot(prcomp(iris.pca))  

錯誤：autoplot不支持prcomp類型的對象。 請改用qplot（）或ggplot（）。

奇怪的是，autoplot專門用於處理prcomp - ggplot的結果，qplot無法處理這樣的對象。 我正在運行R版本3.2，剛剛從github上下載了ggfortify。

有誰能解釋這個消息？

Answer 1

我猜你沒有加載所需的庫，代碼如下：

library(devtools)
install_github('sinhrks/ggfortify')
library(ggfortify); library(ggplot2)
data(iris)
iris.pca <- iris[c(1, 2, 3, 4)] 
autoplot(prcomp(iris.pca))

將工作

Answer 2

即使ggfortify簡單性很迷人，我也不鼓勵使用它與標准ggplot2函數重疊（ 例如 ， replacing previous import 'dplyr::vars' by 'ggplot2::vars' when loading 'ggfortify' ，警告replacing previous import 'dplyr::vars' by 'ggplot2::vars' when loading 'ggfortify' ）。 一個聰明的解決方法是直接使用ggplot2 。

在這里，我提出了兩個版本及其結果。

# creating the PCA obj using iris data set
iris.pca <- iris[c(1, 2, 3, 4)] 
pca.obj <- prcomp(iris.pca)

# ggfortify way - w coloring
library(ggfortify)
autoplot(pca.obj) + theme_minimal()  


# ggplot2 way - w coloring
library(ggplot2)
dtp <- data.frame('Species' = iris$Species, pca.obj$x[,1:2]) # the first two componets are selected (NB: you can also select 3 for 3D plottings or 3+)
ggplot(data = dtp) + 
       geom_point(aes(x = PC1, y = PC2, col = Species)) + 
       theme_minimal() 

注意：使用簡單的ggplot2數據幀結構着色要容易得多。