“升級”到 OSX Yosemite 后 RStudio/R 中的 rJava 加載錯誤

Question

我最近從 OSX Mountain Lion “升級”到 Yosemite，從 R 3.1.3 升級到 3.2。 升級后，當我打開 R 或 RStudio 時，我立即收到一條彈出消息，提示我需要安裝 Java 6。此外，加載rJava或任何依賴於 rJava 的包（例如， xlsx ）導致 RStudio 崩潰（R當我通過直接打開R.app嘗試此操作時也崩潰了）。

在嘗試在 Stack Overflow 和其他地方找到的一些修復程序后（更多詳細信息見下文），我發現加載rJava或任何依賴於rJava包不再導致 R 崩潰，但會導致以下錯誤：

library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

但是，如果我從命令行調用 R 然后加載rJava或任何依賴於rJava包，它似乎可以工作（或者至少我沒有收到任何錯誤消息）。

我嘗試了許多不同的嘗試修復，其中一些嘗試了幾次，但不太記得我按什么順序做了什么（沒有意識到這會是一個爛攤子，並沒有真正跟蹤） ，但這是它的要點：

• 在我的.bash_profile添加了以下內容（根據這個 SO 答案）：

  導出 JAVA_HOME="/usr/libexec/java_home -v 1.8"
  導出 LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_HOME/jre/lib/server

• 從命令行重新配置java如下：

  須藤 R CMD javareconf -n

• 檢查options("java.home")並發現它被設置為NULL 。 我嘗試將其設置為以下內容（根據此 SO 問題）：

  選項（“java.home”=“/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_45.jdk/Contents/Home/jre”）

• 安裝了最新的 Java 開發工具包並從源代碼重新安裝了rJava （不記得我在哪里找到的那​​個）。

在嘗試所有這些時，我能夠在不使 R 崩潰的情況下加載rJava ，但收到了上面發布的錯誤消息。 另外，當我退出RStudio時，它似乎正常關閉，但隨后會彈出“RStudio意外退出”消息，表明程序在嘗試關閉時崩潰了。

我最終決定為 OS X 2014-001 (Java 6) 安裝Java ，因為我似乎沒有什么選擇了。 現在，當我打開 R 或 RStudio 時，“此軟件需要 Java 6”彈出消息不再出現。 但是， .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'上面發布的.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'錯誤消息，我仍然.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'收到.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava' 。

在查看我已經看過的一些帖子時，我注意到另一個我之前錯過的SO 答案，它建議使用以下命令行代碼打開 RStudio，為 RStudio 提供正確的 java 路徑：

LD_LIBRARY_PATH=$(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server: open -a RStudio

這打開了一個 RStudio 窗口，我還能夠加載rJava和依賴它的包而不會出錯。

最后，我嘗試從命令行運行 R（我以前沒有這樣做過）。 事實證明，在命令行上，加載rJava或任何依賴於rJava包都可以工作並且不會拋出任何錯誤。

因此，如果我從命令行使用為 RStudio 提供 java 路徑的代碼打開 RStudio，我現在可以讓rJava工作（如上所述）。 但是，我想找到一種方法來解決潛在的問題，無論它是什么，以便 RStudio 可以以通常的 Mac 方式打開，而無需命令行工具。 我還擔心安裝舊版本的 Java 可能會導致問題。

有沒有人對如何診斷和解決這個問題有任何想法？

Answer 1

我遇到了同樣的問題，並經歷了與您相同的步驟。 允許通過 Finder/Spotlight 啟動 RStudio 的最后一步是將 libjvm.dylib 鏈接到 /usr/local/lib：

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

添加-f標志以強制覆蓋現有文件/鏈接

Answer 2

在 OSX El Capitan 10.11 上，用戶無權寫入 /usr/lib。 因此，請改用以下命令：

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Answer 3

您可以通過運行像顯式加載 libjvm.dylib

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Answer 4

在 macOS High Sierra (10.13.1) 和 Java 版本 9 上，您必須使用略有不同的 JVM 路徑（注意與早期 Java 版本的說明相比，路徑中缺少的jre文件夾）：

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

您還必須通知 R 有關 JVM 的信息：

MY_R_VERSION=$(Rscript -e "cat(with(R.version, sprintf('%s.%s', major, substring(minor, 1, 1))))")
ln -s /usr/local/lib/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/$MY_R_VERSION/Resources/lib/

Answer 5

以下命令有效：

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

之后，在 RStudio 中，通過加載“xlsx”包來加載 rJava。

library("xlsx")

PS #1 環境：Mac OS X El Capitan 10.11.3+ 與 RStudio 0.99.491+ 和 R 3.2.3+。 （我現在也在 macOS Sierra (10.12) 和 R.3.3.1 上對此進行了測試。）

PS #2 我發現openxlsx快得多並且不依賴於 Java 來工作，所以我現在正在使用那個包。 希望能幫助別人。

Answer 6

您應該能夠使用 CRAN rJava，而無需重新編譯rJava或通過將共享庫鏈接到 R 框架庫目錄來執行任何其他步驟。

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

Answer 7

這是我在運行 Mac OS X El Capitan (10.11.6) 的兩台 Mac 上正確配置它的方式：

1. 通過在終端窗口中發出以下命令來卸載“rJava”：

    Rscript -e 'remove.packages("rJava")' sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")'

2. 從 Oracle 下載並安裝 Java 軟件： https : //www.java.com/en/download/mac_download.jsp

3. 使用您喜歡的編輯器將以下幾行添加到/Users/<userid>/.bashrc ：

    # Set JAVA_HOME so rJava package can find it export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre

4. 關閉並重新啟動任何終端、R 和 RStudio 窗口（以獲取對.bashrc的更改）。

5. 在終端窗口中運行以下命令：

    sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

6. 在終端窗口中運行以下命令：

    sudo Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'

Answer 8

這是它的簡單步驟：

1. 刪除 rJava 包：remove.packages(rJava)
2. 關閉 R
3. 在 Mac 上安裝最新的 Java
4. 打開終端並輸入以下命令：sudo R CMD javareconf

5. 打開 R 並使用以下命令安裝 rJava：

   install.packages("rJava", dependencies=TRUE, type="source")

Answer 9

使用最新的 Java SE 10 JDK 在 OSX High Sierra 上進行全新安裝時存在未找到圖像的問題。

我能夠使用在 rJava Github 問題頁面上找到的修復程序解決 rJava 的路徑問題： https : //github.com/su/rJava/issues/78

R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers

Answer 10

這是在 MAC 上對我有用的內容：

1. 在你的~/.profile或~/.bashrc添加這一行： %export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_102.jdk/Contents/Home

   1.1 % source .profile （或% source .bashrc ）

2. % sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
3. remove.packages(rJava)
4. remove.packages(Rweka)
5. 從終端輸入以下命令： %sudo R CMD javareconf
6. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
7. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
8. 加載您的library("rJava", "RWeka")

祝你好運。

Answer 11

也許是另一個不涉及您的文件系統的簡單答案：

$ install_name_tool -add_rpath /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

（用您的 JDK 路徑替換jdk1.8.0_131.jdk 。）

Answer 12

檢查 libjvm.dylib 文件的位置。

試試這個，在我的情況下這有效：

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Answer 13

我完成了我能找到的所有故障排除，然后從以下位置安裝了 jdk-11.0.1_osx-x64_bin.dmg： Oracle 下載

之后一切都運行得很完美。

檢查運行 library('rJava') 時未加載的庫版本，並將其與您需要安裝的 Java 版本匹配。

Answer 14

我注意到在 Rstudio 中加載時，“rJava”對 JDK 版本非常嚴格。
在我的情況下（Mac OS。10.14.6 - Mojave）我安裝了 jdk-13，它針對 jdk-11 進行了測試。
我已將我的 JDK 版本鏈接到一個不存在的目錄，該目錄被 Rstudio（JDK 11）認為是有效的：

sudo ln -sf /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.jdk/ /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk

令人驚訝的是它就像一個魅力......
順便說一句，按照本機 R 中的先前說明運行“rJava”沒有問題。

Answer 15

您可以在這里下載 El Capitan 的舊版 Java 版本 6： https : //support.apple.com/kb/DL1572? viewlocale=en_US&locale=en_US 這樣做后，rJava 包對我有用。

Answer 16

下面的這一行解決了我在使用rJava包時遇到的與本討論中的其他一些問題相同的問題。 我相信這個問題有不止一種解決方案，我真誠地感謝他們所有人的貢獻，因為有時像下面這樣的一行可以節省很多時間，以免浪費時間！

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Answer 17

在命令行上運行以下命令： sudo R CMD javareconf

上面的幾個解決方案都提到了這一點，但他們也建議刪除並隨后重新安裝rJava包。 我發現這些額外的步驟是不必要的。

Answer 18

您可以使用以下命令更改 R 中的引用：

sudo install_name_tool -change /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so