“升级”到 OSX Yosemite 后 RStudio/R 中的 rJava 加载错误

Question

我最近从 OSX Mountain Lion “升级”到 Yosemite，从 R 3.1.3 升级到 3.2。 升级后，当我打开 R 或 RStudio 时，我立即收到一条弹出消息，提示我需要安装 Java 6。此外，加载rJava或任何依赖于 rJava 的包（例如， xlsx ）导致 RStudio 崩溃（R当我通过直接打开R.app尝试此操作时也崩溃了）。

在尝试在 Stack Overflow 和其他地方找到的一些修复程序后（更多详细信息见下文），我发现加载rJava或任何依赖于rJava包不再导致 R 崩溃，但会导致以下错误：

library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

但是，如果我从命令行调用 R 然后加载rJava或任何依赖于rJava包，它似乎可以工作（或者至少我没有收到任何错误消息）。

我尝试了许多不同的尝试修复，其中一些尝试了几次，但不太记得我按什么顺序做了什么（没有意识到这会是一个烂摊子，并没有真正跟踪） ，但这是它的要点：

• 在我的.bash_profile添加了以下内容（根据这个 SO 答案）：

  导出 JAVA_HOME="/usr/libexec/java_home -v 1.8"
  导出 LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_HOME/jre/lib/server

• 从命令行重新配置java如下：

  须藤 R CMD javareconf -n

• 检查options("java.home")并发现它被设置为NULL 。 我尝试将其设置为以下内容（根据此 SO 问题）：

  选项（“java.home”=“/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_45.jdk/Contents/Home/jre”）

• 安装了最新的 Java 开发工具包并从源代码重新安装了rJava （不记得我在哪里找到的那​​个）。

在尝试所有这些时，我能够在不使 R 崩溃的情况下加载rJava ，但收到了上面发布的错误消息。 另外，当我退出RStudio时，它似乎正常关闭，但随后会弹出“RStudio意外退出”消息，表明程序在尝试关闭时崩溃了。

我最终决定为 OS X 2014-001 (Java 6) 安装Java ，因为我似乎没有什么选择了。 现在，当我打开 R 或 RStudio 时，“此软件需要 Java 6”弹出消息不再出现。 但是， .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'上面发布的.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'错误消息，我仍然.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'收到.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava' 。

在查看我已经看过的一些帖子时，我注意到另一个我之前错过的SO 答案，它建议使用以下命令行代码打开 RStudio，为 RStudio 提供正确的 java 路径：

LD_LIBRARY_PATH=$(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server: open -a RStudio

这打开了一个 RStudio 窗口，我还能够加载rJava和依赖它的包而不会出错。

最后，我尝试从命令行运行 R（我以前没有这样做过）。 事实证明，在命令行上，加载rJava或任何依赖于rJava包都可以工作并且不会抛出任何错误。

因此，如果我从命令行使用为 RStudio 提供 java 路径的代码打开 RStudio，我现在可以让rJava工作（如上所述）。 但是，我想找到一种方法来解决潜在的问题，无论它是什么，以便 RStudio 可以以通常的 Mac 方式打开，而无需命令行工具。 我还担心安装旧版本的 Java 可能会导致问题。

有没有人对如何诊断和解决这个问题有任何想法？

Answer 1

我遇到了同样的问题，并经历了与您相同的步骤。 允许通过 Finder/Spotlight 启动 RStudio 的最后一步是将 libjvm.dylib 链接到 /usr/local/lib：

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

添加-f标志以强制覆盖现有文件/链接

Answer 2

在 OSX El Capitan 10.11 上，用户无权写入 /usr/lib。 因此，请改用以下命令：

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Answer 3

您可以通过运行像显式加载 libjvm.dylib

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Answer 4

在 macOS High Sierra (10.13.1) 和 Java 版本 9 上，您必须使用略有不同的 JVM 路径（注意与早期 Java 版本的说明相比，路径中缺少的jre文件夹）：

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

您还必须通知 R 有关 JVM 的信息：

MY_R_VERSION=$(Rscript -e "cat(with(R.version, sprintf('%s.%s', major, substring(minor, 1, 1))))")
ln -s /usr/local/lib/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/$MY_R_VERSION/Resources/lib/

Answer 5

以下命令有效：

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

之后，在 RStudio 中，通过加载“xlsx”包来加载 rJava。

library("xlsx")

PS #1 环境：Mac OS X El Capitan 10.11.3+ 与 RStudio 0.99.491+ 和 R 3.2.3+。 （我现在也在 macOS Sierra (10.12) 和 R.3.3.1 上对此进行了测试。）

PS #2 我发现openxlsx快得多并且不依赖于 Java 来工作，所以我现在正在使用那个包。 希望能帮助别人。

Answer 6

您应该能够使用 CRAN rJava，而无需重新编译rJava或通过将共享库链接到 R 框架库目录来执行任何其他步骤。

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

Answer 7

这是我在运行 Mac OS X El Capitan (10.11.6) 的两台 Mac 上正确配置它的方式：

1. 通过在终端窗口中发出以下命令来卸载“rJava”：

    Rscript -e 'remove.packages("rJava")' sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")'

2. 从 Oracle 下载并安装 Java 软件： https : //www.java.com/en/download/mac_download.jsp

3. 使用您喜欢的编辑器将以下几行添加到/Users/<userid>/.bashrc ：

    # Set JAVA_HOME so rJava package can find it export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre

4. 关闭并重新启动任何终端、R 和 RStudio 窗口（以获取对.bashrc的更改）。

5. 在终端窗口中运行以下命令：

    sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

6. 在终端窗口中运行以下命令：

    sudo Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'

Answer 8

这是它的简单步骤：

1. 删除 rJava 包：remove.packages(rJava)
2. 关闭 R
3. 在 Mac 上安装最新的 Java
4. 打开终端并输入以下命令：sudo R CMD javareconf

5. 打开 R 并使用以下命令安装 rJava：

   install.packages("rJava", dependencies=TRUE, type="source")

Answer 9

使用最新的 Java SE 10 JDK 在 OSX High Sierra 上进行全新安装时存在未找到图像的问题。

我能够使用在 rJava Github 问题页面上找到的修复程序解决 rJava 的路径问题： https : //github.com/su/rJava/issues/78

R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers

Answer 10

这是在 MAC 上对我有用的内容：

1. 在你的~/.profile或~/.bashrc添加这一行： %export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_102.jdk/Contents/Home

   1.1 % source .profile （或% source .bashrc ）

2. % sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
3. remove.packages(rJava)
4. remove.packages(Rweka)
5. 从终端输入以下命令： %sudo R CMD javareconf
6. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
7. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
8. 加载您的library("rJava", "RWeka")

祝你好运。

Answer 11

也许是另一个不涉及您的文件系统的简单答案：

$ install_name_tool -add_rpath /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

（用您的 JDK 路径替换jdk1.8.0_131.jdk 。）

Answer 12

检查 libjvm.dylib 文件的位置。

试试这个，在我的情况下这有效：

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Answer 13

我完成了我能找到的所有故障排除，然后从以下位置安装了 jdk-11.0.1_osx-x64_bin.dmg： Oracle 下载

之后一切都运行得很完美。

检查运行 library('rJava') 时未加载的库版本，并将其与您需要安装的 Java 版本匹配。

Answer 14

我注意到在 Rstudio 中加载时，“rJava”对 JDK 版本非常严格。
在我的情况下（Mac OS。10.14.6 - Mojave）我安装了 jdk-13，它针对 jdk-11 进行了测试。
我已将我的 JDK 版本链接到一个不存在的目录，该目录被 Rstudio（JDK 11）认为是有效的：

sudo ln -sf /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.jdk/ /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk

令人惊讶的是它就像一个魅力......
顺便说一句，按照本机 R 中的先前说明运行“rJava”没有问题。

Answer 15

您可以在这里下载 El Capitan 的旧版 Java 版本 6： https : //support.apple.com/kb/DL1572? viewlocale=en_US&locale=en_US 这样做后，rJava 包对我有用。

Answer 16

下面的这一行解决了我在使用rJava包时遇到的与本讨论中的其他一些问题相同的问题。 我相信这个问题有不止一种解决方案，我真诚地感谢他们所有人的贡献，因为有时像下面这样的一行可以节省很多时间，以免浪费时间！

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Answer 17

在命令行上运行以下命令： sudo R CMD javareconf

上面的几个解决方案都提到了这一点，但他们也建议删除并随后重新安装rJava包。 我发现这些额外的步骤是不必要的。

Answer 18

您可以使用以下命令更改 R 中的引用：

sudo install_name_tool -change /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so