sqlalchemy：使用別名從多個聯接中選擇特定的列

Question

現在，這個問題已經困擾了超過一天，而我發現的例子卻沒有奏效。 我是SQLALCHEMY的新手，但是我發現文檔不是很有啟發性。

查詢（到目前為止）：

prey = alias(ensembl_genes, name='prey')
bait = alias(ensembl_genes, name='bait')
query = db.session.query(tap,prey,bait).\
    join(prey, tap.c.TAP_PREY_ENSEMBL_GENE_ID==prey.c.ENSEMBL_GENE_ID).\
    join(bait, tap.c.TAP_BAIT_ENSEMBL_GENE_ID==bait.c.ENSEMBL_GENE_ID).\
    filter(\
      or_(\
        tap.c.TAP_PREY_ENSEMBL_GENE_ID=='ENSG00000100360',\
        tap.c.TAP_BAIT_ENSEMBL_GENE_ID=='ENSG00000100360'\
      )\
    ).\
    order_by(desc(tap.c.TAP_UNIQUE_PEPTIDE_COUNT))

tap是指相互作用的基因表。 一個交互者被稱為“誘餌”，另一個被稱為“獵物”。 獵物和誘餌是同一個表的別名，該表包含有關這些基因的其他信息。 目的是選擇與給定基因“ ENSG00000100360”作為誘餌或獵物的所有相互作用。

問題：

該查詢返回大約20列，但是我只需要六個特定的列，每個原始表中兩個（我也想重命名它們）。 從interwebz上的示例中，我認為我應該添加：

  options(
      Load(tap).load_only('TAP_UNIQUE_PEPTIDE_COUNT','TAP_SEQUENCE_COVERAGE'),
      Load(prey).load_only('ENSEMBL_GENE_SYMBOL','ENSEMBL_GENE_ID'),
      Load(bait).load_only('ENSEMBL_GENE_SYMBOL','ENSEMBL_GENE_ID')
    )

但這給了我以下錯誤：

文件“ /Users/jvandam/Github/syscilia/tools/BDT/quest/blueprints/genereport.py”，行246，位於createTAPMSView Load（tap）.load_only（'TAP_UNIQUE_PEPTIDE_COUNT'，'TAP_SEQUENCE_COVERAGE'）文件“ / opt / local /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/sqlalchemy/orm/strategy_options.py“，第82行， init self.path = insp._path_registry AttributeError：“表”對象沒有屬性“ _path_registry”

我無法在Google上找到有關此事的任何信息。 sqlalchemy表對象是從數據庫表元數據創建的。

我正在嘗試使用sqlalchemy orm語句模擬的是：

SELECT
prey.ENSEMBL_GENE_SYMBOL AS PREY_ENSEMBL_GENE_SYMBOL,
prey.ENSEMBL_GENE_ID AS PREY_ENSEMBL_GENE_ID,
bait.ENSEMBL_GENE_SYMBOL AS BAIT_ENSEMBL_GENE_SYMBOL,
bait.ENSEMBL_GENE_ID AS BAIT_ENSEMBL_GENE_ID,
t.TAP_UNIQUE_PEPTIDE_COUNT AS UNIQUE_PEPTIDE_COUNT,
t.TAP_SEQUENCE_COVERAGE AS SEQUENCE_COVERAGE
FROM TAP as t
INNER JOIN ENSEMBL_GENES AS prey
  ON tap.TAP_PREY_ENSEMBL_GENE_ID=prey.ENSEMBL_GENE_ID
INNER JOIN ENSEMBL_GENES AS bait
  ON t.TAP_BAIT_ENSEMBL_GENE_ID=bait.ENSEMBL_GENE_ID
WHERE
  t.TAP_PREY_ENSEMBL_GENE_ID='ENSG00000100360' 
  OR t.TAP_BAIT_ENSEMBL_GENE_ID='ENSG00000100360'
ORDER BY t.TAP_UNIQUE_PEPTIDE_COUNT DESC

誰能幫我解決我的查詢問題？ 提前致謝！ 約翰

Answer 1

只需使用以下內容更改這部分db.session.query(tap,prey,bait).\\ ：

db.session.query(\
    prey.ENSEMBL_GENE_SYMBOL.label("PREY_ENSEMBL_GENE_SYMBOL"),
    prey.ENSEMBL_GENE_ID.label("PREY_ENSEMBL_GENE_ID"),
    bait.ENSEMBL_GENE_SYMBOL.label("BAIT_ENSEMBL_GENE_SYMBOL"),
    bait.ENSEMBL_GENE_ID.label("BAIT_ENSEMBL_GENE_ID"),
    tap.TAP_UNIQUE_PEPTIDE_COUNT.label("UNIQUE_PEPTIDE_COUNT"),
    tap.TAP_SEQUENCE_COVERAGE.label("SEQUENCE_COVERAGE"),
).\
select_from(tap).\  # @note: need this in so that FROM and JOINs are in desired order

這只會選擇您需要的列。