使用r markdown和knitr訪問由R腳本生成的數據

Question

我是R markdown和knitr的新手，尚未找到此問題的答案：

我在R腳本中編寫了函數，並已將數據分配到位置1（.GlobalEnv）。 如何在R markdown中訪問數據並運行函數，並使用knitr生成.html文件？

這是一個簡單的例子。 在腳本文件中，我生成：

some.x.data<-1:10
some.y.data<-1:10
toy.fn<-function(){
  tot<-some.x.data + some.y.data
  tot
}

toy.fn（）在腳本文件中工作。

我的R markdown文件包含：

---
title: "trivial test"
author: "me"
date: "July 9, 2015"
output: html_document
---


```{r}
plot(some.x.data, some.y.data)
toy.fn()
```

單擊編織HTML時，出現以下錯誤：

繪圖錯誤（some.x.data，some.y.data）：找不到對象'some.x.data'調用：... withCallingHandlers-> withVisible-> eval-> eval-> plot

謝謝

Answer 1

RStudio打開一個新的R會話knit()您的Rmd文件，所以在對象.GlobalEnv將無法使用該會話（它們是兩個單獨的會話），所以當你knitr荷蘭國際集團HTML沒有辦法知道some.x.data ， some.y.data和toy.fn是。

要么你需要重新創建他們在您的Rmd文件。 如果您不希望任何輸出，請執行以下操作：

```{r, echo = FALSE, message = FALSE}
some.x.data<-1:10
some.y.data<-1:10
toy.fn<-function(){
  tot<-some.x.data + some.y.data
  tot
}
```

完整Rmd ：

---
title: "trivial test"
author: "me"
date: "July 9, 2015"
output: html_document
---
```{r, echo = FALSE, message = FALSE}
some.x.data<-1:10
some.y.data<-1:10
toy.fn<-function(){
  tot<-some.x.data + some.y.data
  tot
}
```
```{r}
plot(some.x.data, some.y.data)
toy.fn()
```

要么

自己手工knit ： library(knitr); knit('your_file.Rmd') library(knitr); knit('your_file.Rmd')