在R中，使用ENST id列從數據框中提取miRNA名稱

Question

我有一個數據head(mydataframe)輸出如下所示的head(mydataframe) 。 我想根據目標列（ENST）提取名稱列（miRNA名稱），這樣就給出了所有出現的miRNA，而無需重復兩次或多次重復ENST id。

每列是一個miRNA，每行是ENST（每個特定的ENST發生一次），並根據miRNA的存在將一個或零存儲為單元格。

               name          target  chrom     start       end strand
2928 hsa-miR-576-5p ENST00000324219      2 101875410 101875431      +

2929 hsa-miR-483-5p ENST00000324219      2 101876861 101876882      +

3047  hsa-miR-302c* ENST00000264258      2 100989915 100989939      +

3048 hsa-miR-767-3p ENST00000264258      2 100990020 100990039      +

3049   hsa-miR-216a ENST00000264258      2 100989887 100989906      +

3050 hsa-miR-409-3p ENST00000264258     2 100990172 100990194      +

Answer 1

您可以只使用table 。 根據您的data ，請嘗試：

table(data[,c("target","name")])

輸出：

                hsa-miR-216a hsa-miR-302c* hsa-miR-409-3p hsa-miR-483-5p hsa-miR-576-5p
ENST00000264258            1             1              1              0              0
ENST00000324219            0             0              0              1              1
                hsa-miR-767-3p
ENST00000264258              1
ENST00000324219              0

您可以通過執行以下操作將其存儲在數據框中：

res<-as.data.frame.matrix(table(data[,c("target","name")]))