僅使用一個數據集在R中使用RDA

Question

這可能是一個愚蠢的問題，但是我被告知要在R中進行冗余分析（使用軟件包Vegan）來測試數據中不同組之間的差異。 但是，我只有一個數據集（與Iris數據集（ https://en.wikipedia.org/wiki/Iris_flower_data_set ）大致相當），而我在RDA上發現的所有內容似乎都需要兩個匹配集。 我是想念還是誤會了，或者這里還有其他事情嗎？

Answer 1

就基礎統計數據而言，您有兩個數據矩陣。

1. iris數據集中的四個形態變量
2. 單個分類預測變量或約束

在純素食主義者中 ，為此使用rda()和iris示例數據：

library("vegan")
iris.d <- iris[, 1:4]
ord <- rda(iris.d ~ Species, data = iris)
ord

set.seed(1)
anova(ord)

排列測試，用於測試物種之間的差異。

> anova(ord)
Permutation test for rda under reduced model
Permutation: free
Number of permutations: 999

Model: rda(formula = iris.d ~ Species, data = iris)
          Df Variance      F Pr(>F)    
Model      2   3.9736 487.33  0.001 ***
Residual 147   0.5993                  
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

您可能還會看到adonis() ，它在這里應該與RDA做相同的事情，但是從不同的角度來看：

> adonis(iris.d ~ Species, data = iris)

Call:
adonis(formula = iris.d ~ Species, data = iris) 

Permutation: free
Number of permutations: 999

Terms added sequentially (first to last)

           Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
Species     2   2.31730 1.15865  532.74 0.87876  0.001 ***
Residuals 147   0.31971 0.00217         0.12124           
Total     149   2.63701                 1.00000           
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

（由於某種原因，它要慢得多...）

另請參見betadisper()因為您可能會使用這些方法檢測均值（質心）差異，其中至少部分原因是方差差異（分散）。