完整了解R中Biostrings對象的長DNA序列

Question

我嘗試使用Biostrings軟件包在R中獲得DNA序列的反向互補。 序列的長度約為900，我想完全看到它，但是R顯示了一個抽象版本，代碼之間有一些點。 反正有沒有完全得到它？

> library("Biostrings")
> d <- DNAString("CTGTTGAAGCGTCAGATGGATAAGCATCCATAATTTACTGTCCATATCCAAGACCTCATAGTATTCCTCGGGCATGAATTTAATTGGCGGGGTCGGGGTTCAAGTAAGCCGTATTTTGGCTTCGCCGCCGCGAATTTGAATGCGAGGCGTCTCCTCAAAGATGAGTAACGGCGTCCTGGGCTTCACAGAACTTTCGTGAGAAAACTCTAAGACTCTACAGAGATCACAAATGGTTTCAGCCCAGACTCTATTACTTGGGAGTAAGGGGGTTGACAACTCGCCACTCTATTTCCCATCATCTGCCCGCAGCTGCGACTGGGCCGAACCGAGATGGATATAGGAATAAAATGTGGTGGTGTTGCCGTGCTCTTTTCGTCCGCGTGTCCATGGCGAGGACAGCTATTTTCCTCTAAAGCCCATGTAGATCGCCTCGATCCCTCGTAAGACCCGGCTGCAGTCTGACGCCCCGACAAATAAGCTACCGCCTCCTAAACCATCCCCGATTCAGATGCGTGCTAACTTCGTGTTTCGGCCTAGCTTTAAGGGTACCGTCAGTCACCGCGACTCATAGCTGTACTCCTTCAGAATAAGGTAGTCCCGATCGTACACGTAGCTACAGAGGTATCAGACACGAGCTCGCGTCAATTCGACTCTTCGAGGCTGTGTGCCCCAGCTCCTCAGGGATCGCAATTTAGCAATCAAGAGATCTTGCCTCGTATCAATGATTTTCGCAGTTGGGTTCACGCCCCCTACAATAGCGCACCGCCTGTGTGCAAAGAAATTTTCTGGTACGTAAGATTCGAGGGAGTAGGGACGAAACATTCATGGCGATAGCAGATTTCCGAGGGCTACGGTGTAGCGGATACTAACCTCCGCGTGGTATAGATAGATACTTACCAAGGACACATGCTCTTCCTGTATAGCCGTTCCCG")
> rc <- reverseComplement(d)
> rc
  932-letter "DNAString" instance
seq: CGGGAACGGCTATACAGGAAGAGCAT...TGCTTATCCATCTGACGCTTCAACAG

Answer 1

您可以使用toString或as.character 。

請參閱有關強制XStrings的文檔 ：

描述

DNAString，RNAString和AAString類是相似的容器，但具有更多的面向生物學的目的，用於存儲DNA序列（DNAString），RNA序列（RNAString）或氨基酸序列（AAString）。

所有這些容器都是直接從XString虛擬類派生的（沒有其他插槽）。

強迫

在下面的代碼段中，x是一個XString對象。

as.character(x) ：將x轉換為字符串。

toString(x) ：等同於as.character（x）。

如果執行class(rc)您將看到它是DNAString因此適用本文檔。

Answer 2

只需使用as.character ：

> d = DNAString(paste0(sample(c("A","C","T","G"),600,TRUE),collapse=""))
> d
  600-letter "DNAString" instance
seq: CACATTTCTGAAGGTGTTGAGCGGCATCATATAAAC...CATAAACATAATTGCTTGTTTAGTCTACCAAACGCT
> as.character(d)
[1] "CACATTTCTGAAGGTGTTGAGCGGCATCATATAAACGCTCCCCCTTCAACTGTATAGTCCGGCACAGTAGGCTTAGGATATCACCGATGTGTCCGCCACGAAGCTCGAAGACCCGCCTCAAACAGGGCGCACGACCCGCTATATCCAACAATGAGTTCGACCCTGGATCCGTGCATTACATAGGCGACATGTGTGAAAAACTTTGCGTATCTCGGGCTTGCGCCTTTACTCCATGACTTTCTTTCGAACCTTAAATGACTGGTGCATACCCCTGCTTGTCCGTAAGGGAACGGACGGTTGGTATATCTTGAGCACGAGTAAGGGCGCTGATACCCCTTTGCTCGTCATTGATGGGCCAATGTGATGTTGACGTTGCTTGAAGGATTGTACTGGGGTTAATTTTTACGGGCGGAATTGGCTTCACAGTAATACGGACTGTGTAACAAGCGAGCCCCTTAAACGTGCAGACACTAAATAGCGGGCGAGTTACCTTTCATCAGGCACAGGTTAACTTTGGAAAAGGTCCACTTGAACCTCATTTGAAACCAAAGACCGTTATATATGCATAAACATAATTGCTTGTTTAGTCTACCAAACGCT"

請注意，您不希望這樣做太多，因為BioStrings努力提高處理長字符串的效率。 如果您嘗試將其寫入文件，則可以使用其他方法...