完整了解R中Biostrings对象的长DNA序列

Question

我尝试使用Biostrings软件包在R中获得DNA序列的反向互补。 序列的长度约为900，我想完全看到它，但是R显示了一个抽象版本，代码之间有一些点。 反正有没有完全得到它？

> library("Biostrings")
> d <- DNAString("CTGTTGAAGCGTCAGATGGATAAGCATCCATAATTTACTGTCCATATCCAAGACCTCATAGTATTCCTCGGGCATGAATTTAATTGGCGGGGTCGGGGTTCAAGTAAGCCGTATTTTGGCTTCGCCGCCGCGAATTTGAATGCGAGGCGTCTCCTCAAAGATGAGTAACGGCGTCCTGGGCTTCACAGAACTTTCGTGAGAAAACTCTAAGACTCTACAGAGATCACAAATGGTTTCAGCCCAGACTCTATTACTTGGGAGTAAGGGGGTTGACAACTCGCCACTCTATTTCCCATCATCTGCCCGCAGCTGCGACTGGGCCGAACCGAGATGGATATAGGAATAAAATGTGGTGGTGTTGCCGTGCTCTTTTCGTCCGCGTGTCCATGGCGAGGACAGCTATTTTCCTCTAAAGCCCATGTAGATCGCCTCGATCCCTCGTAAGACCCGGCTGCAGTCTGACGCCCCGACAAATAAGCTACCGCCTCCTAAACCATCCCCGATTCAGATGCGTGCTAACTTCGTGTTTCGGCCTAGCTTTAAGGGTACCGTCAGTCACCGCGACTCATAGCTGTACTCCTTCAGAATAAGGTAGTCCCGATCGTACACGTAGCTACAGAGGTATCAGACACGAGCTCGCGTCAATTCGACTCTTCGAGGCTGTGTGCCCCAGCTCCTCAGGGATCGCAATTTAGCAATCAAGAGATCTTGCCTCGTATCAATGATTTTCGCAGTTGGGTTCACGCCCCCTACAATAGCGCACCGCCTGTGTGCAAAGAAATTTTCTGGTACGTAAGATTCGAGGGAGTAGGGACGAAACATTCATGGCGATAGCAGATTTCCGAGGGCTACGGTGTAGCGGATACTAACCTCCGCGTGGTATAGATAGATACTTACCAAGGACACATGCTCTTCCTGTATAGCCGTTCCCG")
> rc <- reverseComplement(d)
> rc
  932-letter "DNAString" instance
seq: CGGGAACGGCTATACAGGAAGAGCAT...TGCTTATCCATCTGACGCTTCAACAG

Answer 1

您可以使用toString或as.character 。

请参阅有关强制XStrings的文档 ：

描述

DNAString，RNAString和AAString类是相似的容器，但具有更多的面向生物学的目的，用于存储DNA序列（DNAString），RNA序列（RNAString）或氨基酸序列（AAString）。

所有这些容器都是直接从XString虚拟类派生的（没有其他插槽）。

强迫

在下面的代码段中，x是一个XString对象。

as.character(x) ：将x转换为字符串。

toString(x) ：等同于as.character（x）。

如果执行class(rc)您将看到它是DNAString因此适用本文档。

Answer 2

只需使用as.character ：

> d = DNAString(paste0(sample(c("A","C","T","G"),600,TRUE),collapse=""))
> d
  600-letter "DNAString" instance
seq: CACATTTCTGAAGGTGTTGAGCGGCATCATATAAAC...CATAAACATAATTGCTTGTTTAGTCTACCAAACGCT
> as.character(d)
[1] "CACATTTCTGAAGGTGTTGAGCGGCATCATATAAACGCTCCCCCTTCAACTGTATAGTCCGGCACAGTAGGCTTAGGATATCACCGATGTGTCCGCCACGAAGCTCGAAGACCCGCCTCAAACAGGGCGCACGACCCGCTATATCCAACAATGAGTTCGACCCTGGATCCGTGCATTACATAGGCGACATGTGTGAAAAACTTTGCGTATCTCGGGCTTGCGCCTTTACTCCATGACTTTCTTTCGAACCTTAAATGACTGGTGCATACCCCTGCTTGTCCGTAAGGGAACGGACGGTTGGTATATCTTGAGCACGAGTAAGGGCGCTGATACCCCTTTGCTCGTCATTGATGGGCCAATGTGATGTTGACGTTGCTTGAAGGATTGTACTGGGGTTAATTTTTACGGGCGGAATTGGCTTCACAGTAATACGGACTGTGTAACAAGCGAGCCCCTTAAACGTGCAGACACTAAATAGCGGGCGAGTTACCTTTCATCAGGCACAGGTTAACTTTGGAAAAGGTCCACTTGAACCTCATTTGAAACCAAAGACCGTTATATATGCATAAACATAATTGCTTGTTTAGTCTACCAAACGCT"

请注意，您不希望这样做太多，因为BioStrings努力提高处理长字符串的效率。 如果您尝试将其写入文件，则可以使用其他方法...