[英]log2 transform ff objects
我想log2轉換ff
包中的ff
對象中的所有數值。
使用我的df
:
library(ff)
df <- 'probeset_id sample1 sample2 sample3
probe_1 1834.2 1743.4 1384
probe_2 4711 4922 4650
probe_3 4555 1387 4650.8
probe_4 2588 1325 3258'
df <- read.table(text=df, header=T)
write.table(df, "del.txt", col.names=T, row.names=F, quote=F, sep="\t")
df <- read.table.ffdf(file="del.txt", header=T)
我嘗試了以下代碼,但出現錯誤:
df[, 2:length(df)] <- log(df[2:length(df)], 2)
Error in log(df[2:length(df)], 2) :
non-numeric argument to mathematical function
有一種方法可以將此功能應用於ff
對象?
log(df[,2:length(df)],2)
可以工作,但是sapply(df[,2:length(df)],log2)
如果數據幀較大sapply(df[,2:length(df)],log2)
可能會更好。
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