Mac，R和OS X el Capitan上的Emacs

Question

我在Mac系統上使用Emacs和/或Aquamacs來編輯R，乳膠和html代碼。 將OS X升級到Capitan后，R停止工作（搜索程序：R中沒有此類文件或目錄）。 我想知道是否有人遇到相同的問題並找到了解決方案。

Answer 1

這就是我所做的，它解決了問題。

1. 重新安裝R（撰寫本文時，最新版本為3.2.4）
2. 在.emacs中包含（setq exec-path（cons“ / usr / local / bin” exec-path））。 / usr / local / bin是命令行R的軟鏈接。

當然，如果在/ usr / local / bin中找不到R命令，而在其他地方，則應在步驟2中更改路徑。

Answer 2

升級后，我必須重新安裝R和所有軟件包。 為了能夠輕松地執行此步驟，請在升級到El Capitan之前將已安裝的軟件包保存在文件中。 這些軟件包實際上尚未刪除，它們位於/Library/Frameworks/R.Framework/Versions/3.2/Resources/library（3.2 =版本）中，因此您仍然可以找到它們，但是其中一些可能在用戶庫中。

要保存軟件包列表：

my.packages = library（）[[2]] write.table（my.packages，file =“ my.packages.txt”，row.names = F，col.names = T）

然后升級，從R-3.2.2.pkg（或最新版本）重新安裝，然后讀取my.packages中的文本文件並使用install.packages（my.packages，repos =' http：//cran.us.r -project.org '），那么您應該一切順利。

Answer 3

關於“ El Capitan”下的R，您不必重新安裝它。 您可以通過列出目錄來了解發生了什么

ls -l /Library/SystemMigration/History/Migration-<UUID>/QuarantineRoot/usr/bin

（其中<uuid>看起來像38CF2251-9593-48E9-BAA4-4880AA47E908 ）。 這是OS升級的地方，該鏈接曾經位於/usr/bin 。 只需以root身份創建與R和Rscript相同的符號鏈接：

cd /usr/local/bin
ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R R
ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/Rscript Rscript

當然，這假定/usr/local/bin在您的PATH 。

新安裝的R應該注意El Capitan中的更改，請參見。 這個R bug報告 。

Answer 4

這是另一種解決方案：用``修改后的emacs''替換emacs。 它解決了Auctex（膠乳預覽窗格模式）和R的所有問題。它也與OS 10.11一致。

您可以從以下網址下載它： http : //vgoulet.act.ulaval.ca/en/emacs/mac/

Answer 5

讓R在El Capitan上運行時，我遇到了同樣的問題。 現在問題已解決。 接下來就是我嘗試過的。 您可能會發現一些不相關的步驟，但是為了完整起見，我將它們包括在內。

1. 嘗試通過自制程序（上面已提及）重新安裝它，並收到有關capitan的不兼容消息。
2. 加載了“修改過的emacs”（如上所述）。
3. 訪問了以下鏈接： http : //ftp.heanet.ie/mirrors/cran.r-project.org/bin/macosx/

然后下載並安裝：（i）R-3.2.2.pkg並按照說明在終端中運行checksum命令。 （ii）XQuartz 4.然后在終端中鍵入R，它可以正常工作。

5. 對於我正在做的課程，需要其他軟件包或庫。 要加載“ geonames”軟件包，請在終端中輸入：install.packages（c（“ geonames”））

   將出現一條消息，要求選擇CRAN鏡像。 另外，還將打開另一個窗口，其中包含鏡像列表，單擊一個並單擊“確定”。

同樣，軟件包“ UsingR”的加載方式是：install.packages（c（“ UsingR”））

__結束

Answer 6

我認為問題在於usr/bin不再可寫。 這就是R和Rscript類的程序Rscript地方。 在我的系統上，看起來usr/bin已移至以下位置：

/Library/SystemMigration/History/Migration-XXXXXXXX-XXXX-XXXX-XXXX-XXXXXXXXXXXX/QuarantineRoot/usr/bin

我想您可以將隔離文件夾添加到您的路徑中，因為在我的系統上，如果從那里執行，一切似乎都可以正常工作。

Answer 7

我有同樣的問題。 我不確定El Capitan中有什么更改，但是將R二進制文件的路徑（系統上的/usr/local/bin ）添加到我的.emacs文件中的exec-path中為我解決了此問題。