Mac，R和OS X el Capitan上的Emacs

Question

我在Mac系统上使用Emacs和/或Aquamacs来编辑R，乳胶和html代码。 将OS X升级到Capitan后，R停止工作（搜索程序：R中没有此类文件或目录）。 我想知道是否有人遇到相同的问题并找到了解决方案。

Answer 1

这就是我所做的，它解决了问题。

1. 重新安装R（撰写本文时，最新版本为3.2.4）
2. 在.emacs中包含（setq exec-path（cons“ / usr / local / bin” exec-path））。 / usr / local / bin是命令行R的软链接。

当然，如果在/ usr / local / bin中找不到R命令，而在其他地方，则应在步骤2中更改路径。

Answer 2

升级后，我必须重新安装R和所有软件包。 为了能够轻松地执行此步骤，请在升级到El Capitan之前将已安装的软件包保存在文件中。 这些软件包实际上尚未删除，它们位于/Library/Frameworks/R.Framework/Versions/3.2/Resources/library（3.2 =版本）中，因此您仍然可以找到它们，但是其中一些可能在用户库中。

要保存软件包列表：

my.packages = library（）[[2]] write.table（my.packages，file =“ my.packages.txt”，row.names = F，col.names = T）

然后升级，从R-3.2.2.pkg（或最新版本）重新安装，然后读取my.packages中的文本文件并使用install.packages（my.packages，repos =' http：//cran.us.r -project.org '），那么您应该一切顺利。

Answer 3

关于“ El Capitan”下的R，您不必重新安装它。 您可以通过列出目录来了解发生了什么

ls -l /Library/SystemMigration/History/Migration-<UUID>/QuarantineRoot/usr/bin

（其中<uuid>看起来像38CF2251-9593-48E9-BAA4-4880AA47E908 ）。 这是OS升级的地方，该链接曾经位于/usr/bin 。 只需以root身份创建与R和Rscript相同的符号链接：

cd /usr/local/bin
ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R R
ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/Rscript Rscript

当然，这假定/usr/local/bin在您的PATH 。

新安装的R应该注意El Capitan中的更改，请参见。 这个R bug报告 。

Answer 4

这是另一种解决方案：用``修改后的emacs''替换emacs。 它解决了Auctex（胶乳预览窗格模式）和R的所有问题。它也与OS 10.11一致。

您可以从以下网址下载它： http : //vgoulet.act.ulaval.ca/en/emacs/mac/

Answer 5

让R在El Capitan上运行时，我遇到了同样的问题。 现在问题已解决。 接下来就是我尝试过的。 您可能会发现一些不相关的步骤，但是为了完整起见，我将它们包括在内。

1. 尝试通过自制程序（上面已提及）重新安装它，并收到有关capitan的不兼容消息。
2. 加载了“修改过的emacs”（如上所述）。
3. 访问了以下链接： http : //ftp.heanet.ie/mirrors/cran.r-project.org/bin/macosx/

然后下载并安装：（i）R-3.2.2.pkg并按照说明在终端中运行checksum命令。 （ii）XQuartz 4.然后在终端中键入R，它可以正常工作。

5. 对于我正在做的课程，需要其他软件包或库。 要加载“ geonames”软件包，请在终端中输入：install.packages（c（“ geonames”））

   将出现一条消息，要求选择CRAN镜像。 另外，还将打开另一个窗口，其中包含镜像列表，单击一个并单击“确定”。

同样，软件包“ UsingR”的加载方式是：install.packages（c（“ UsingR”））

__结束

Answer 6

我认为问题在于usr/bin不再可写。 这就是R和Rscript类的程序Rscript地方。 在我的系统上，看起来usr/bin已移至以下位置：

/Library/SystemMigration/History/Migration-XXXXXXXX-XXXX-XXXX-XXXX-XXXXXXXXXXXX/QuarantineRoot/usr/bin

我想您可以将隔离文件夹添加到您的路径中，因为在我的系统上，如果从那里执行，一切似乎都可以正常工作。

Answer 7

我有同样的问题。 我不确定El Capitan中有什么更改，但是将R二进制文件的路径（系统上的/usr/local/bin ）添加到我的.emacs文件中的exec-path中为我解决了此问题。