逐行讀取gzip壓縮文本文件，以便在python 3.2.6中進行處理

Question

對於python來說，我是一個完全新手，但我的任務是嘗試在一台機器上運行一段代碼，該機器具有與最初構建代碼不同版本的python（3.2.6）對於。

我遇到了一個逐行閱讀gzip文本文件的問題（並根據第一個字符處理它）。 代碼（顯然是用python> 3.2.6編寫的）是

for line in gzip.open(input[0], 'rt'):
    if line[:1] != '>':
        out.write(line)
        continue

    chromname = match2chrom(line[1:-1])
    seqname = line[1:].split()[0]

    print('>{}'.format(chromname), file=out)
    print('{}\t{}'.format(seqname, chromname), file=mappingout)

（對於那些知道，這條帶將FASTA基因組文件壓縮成標題（在開始時帶有“>”）和序列，並根據此處理行分為兩個不同的文件）

我找到了https://bugs.python.org/issue13989 ，它聲明模式'rt'不能用於python-3.2中的gzip.open並使用以下內容：

import io

with io.TextIOWrapper(gzip.open(input[0], "r")) as fin:
     for line in fin:
         if line[:1] != '>':
             out.write(line)
             continue

         chromname = match2chrom(line[1:-1])
         seqname = line[1:].split()[0]

         print('>{}'.format(chromname), file=out)
         print('{}\t{}'.format(seqname, chromname), file=mappingout)

但上面的代碼不起作用：

UnsupportedOperation in line <4> of /path/to/python_file.py:
read1

我怎樣才能重寫這個例程來准確地給出我想要的東西 - 將gzip文件逐行讀入變量“line”並根據第一個字符進行處理？

編輯：從這個例程的第一個版本回溯是（python 3.2.6）：

Mode rt not supported  
File "/path/to/python_file.py", line 79, in __process_genome_sequences  
File "/opt/python-3.2.6/lib/python3.2/gzip.py", line 46, in open  
File "/opt/python-3.2.6/lib/python3.2/gzip.py", line 157, in __init__

第二個版本的回溯是：

UnsupportedOperation in line 81 of /path/to/python_file.py:
read1
File "/path/to/python_file.py", line 81, in __process_genome_sequences

沒有進一步的追溯（行數中的額外兩行是import io和with io.TextIOWrapper(gzip.open(input[0], "r")) as fin: lines

Answer 1

我實際上似乎已經解決了這個問題。

最后我不得不使用shell("gunzip {input[0]}")來確保可以在文本模式下讀入gunzipped文件，然后使用shell("gunzip {input[0]}")讀取結果文件

for line in open(' *< resulting file >* ','r'):
    if line[:1] != '>':
        out.write(line)
        continue

    chromname = match2chrom(line[1:-1])
    seqname = line[1:].split()[0]

    print('>{}'.format(chromname), file=out)
    print('{}\t{}'.format(seqname, chromname), file=mappingout)