兩列之間的圖相關

Question

有人可以嘗試調試以下腳本嗎？ ggplot找不到我的x和y值。 怎么了？

數據：

  data <- read.table(file="./MatureMiRNA_1M_2M_Trim18.csv", sep=",", header=T, check.names=F, row.names=1)
    head(data)
                      1M   2M
    hsa-let-7a-2-3p    0    0
    hsa-let-7a-3p      0   12
    hsa-let-7a-5p   2770 1344
    hsa-let-7b-3p     26   27
    hsa-let-7b-5p    627  492
    hsa-let-7c-3p      0    0

腳本

    keep <- rowSums(cpm(data)>3) >=2
    data <- data[keep, ]
    table(keep)
    keep

    FALSE  TRUE 
     2381   200 

    data <- log(data,2)
    head(data)
                         1M        2M
    hsa-let-7a-5p 11.435670 10.392317
    hsa-let-7b-3p  4.700440  4.754888
    hsa-let-7b-5p  9.292322  8.942515
    hsa-let-7c-5p  5.906891  4.754888
    hsa-let-7d-3p  9.552669  7.882643
    hsa-let-7d-5p  8.573647  7.851749

    library(ggplot2) 
    ggplot(data, aes(x=1M,y=2M)) + geom_point()
    Error: unexpected symbol in "ggplot(data, aes(x=1M"

Answer 1

R不允許以數字開頭的變量名（ 例如，參見here ）。 但是read.table命令中的check_names=F阻止R檢查有效名稱。 R將check.names保留為默認值（TRUE），R會通過在變量名稱后添加“ X”來使名稱合法。 如果要將原始名稱用作ggplot中的軸標簽，請使用labs更改軸標簽。

data <- read.table(text = " 1M        2M
    hsa-let-7a-5p 11.435670 10.392317
    hsa-let-7b-3p  4.700440  4.754888
    hsa-let-7b-5p  9.292322  8.942515
    hsa-let-7c-5p  5.906891  4.754888
    hsa-let-7d-3p  9.552669  7.882643
    hsa-let-7d-5p  8.573647  7.851749", 
    header = TRUE, 
    check.names = TRUE, 
    row.names = 1)

names(data)

library(ggplot2)
ggplot(data, aes(X1M, X2M)) + 
   geom_point() + 
   labs(x = "1M", y = "2M")