如何在Linux集群中安裝R軟件包

Question

我從我的大學獲得集群帳戶，並在Linux集群（redhat 2.6.18-128.el5）中安裝了R 2.13.0，但是我無法安裝r軟件包。 我嘗試了以下代碼

1. install.packages('plyr')然后選擇CRAN鏡像為1，然后得到以下消息。

警告：無法訪問存儲庫http://cran.ms.unimelb.edu.au/src/contrib的索引警告消息：1：在open.connection（con，“ r”）中：無法解析'cran.r- project.org'2：在getDependencies（pkgs，dependencies，available，lib）中：包'plyr'不可用（對於R版本2.13.0）

2. 現在我做了一個本地庫，並嘗試

    mkdir ~/R_libs install.packages("lattice",repos="http://cran.r-project.org", lib="~/R_libs/") 

然后再次警告

警告：無法訪問存儲庫http://cran.r-project.org/src/contrib的索引警告消息：在getDependencies（pkgs，dependencies，available，lib）中：包'lattice'不可用（對於R版本2.13） .0）

我下載了軟件包，然后上傳到集群中。 可以從那里安裝嗎？

我沒有任何sudoers權限（管理員權限）。 群集具有32個節點。

編輯：我將car_2.1-0.zip上傳到集群並嘗試了以下代碼。

R CMD INSTALL car_2.1-0.zip -l /R_libs

但是我得到了如下所示的響應

rawToChar（block [seq_len（ns）]）中的錯誤：字符串中嵌入了nul：'PK \\ 003 \\ 004 \\ n \\ 0 \\ 0 \\ 0 \\ 0 \\ 0 \\ xef3ZG \\ 0 \\ 0 \\ 0 \\ 0 \\ 0 \\ 0 \\ 0 \\ 0 \\ 0 \\ 0 \\ 0 \\ 0 \\ 004 \\ 0 \\ 0 \\ 0汽車/ PK \\ 003 \\ 004 \\ 024 \\ 0 \\ 002 \\ 0 \\ b \\ 0 \\ xe03ZGn \\ xaa \\ xf3 \\ x90Q \\ 001 \\ 0 \\ 0 \\ xa2 \\ 002 \\ 0 \\ 0 \\ f \\ 0 \\ 0 \\ 0汽車/城市\\ x9dR \\ xc1j \\ 0021 \\ 020 = W \\ xf0 \\ 037 \\ x86 = \\ xed \\ x82 \\ xec \\ xd6 \\ 036 \\ x85 \\ 036 \\ xb6b）E'

有什么辦法可以克服嗎？ 謝謝

Answer 1

非常感謝您提供我的問題的詳細信息作為評論。 讓我在這里總結所有這些信息。

與其乞求您的系統管理員，不如遵循以下步驟

步驟1：從以下鏈接下載R的最新版本： https : //cran.r-project.org/sources.html（我下載了R-3.2.2）

步驟2：將其上傳到您的群集中（我在Windows 8.1中使用WinSCP）

步驟3：使用以下命令將其解壓縮tar -xf Rx.yztar.gz

在我的情況下，它的tar -xf R-3.2.2.tar.gz

步驟4：使用代碼cd R-3.2.2轉到該目錄

步驟5：鍵入./configure或./configure --enable-R-shlib && make

步驟6：完成配置后，鍵入make

步驟7：然后通過make check構建的系統是否正常工作

請享用！！！

Answer 2

module load R

（例如，這是集群上的R，因此現在它在您的路徑上，您可以通過鍵入R來輸入它）

export R_LIBS_USER=$HOME/apps/R:$R_LIBS_USER

（您仍在Linux命令行上，尚未在R中）

R

（現在輸入R）

install.packages("packagename")

做得好，它將軟件包安裝到HOME / apps / R

library(packagename)

（嘗試一下，看看效果如何）