如何在Linux上運行的DeployR服務器上安裝R軟件包（托管在Amazon EC2上）？

Question

我成功地在Amazon EC2實例上托管的Redhat Linux上安裝了DeployR。 我可以成功轉到DeployR登錄頁面並檢查診斷選項卡，它說DeployR正在運行，並且顯示正常。

我已經測試了一個簡單的R腳本並在DeployR上運行正常，但現在我需要安裝RJDBC包：install.packages（“RJDBC”，dep = TRUE）

包裹管理的文檔不明確： https ： //deployr.revolutionanalytics.com/documents/admin/r-package-mgmt/

它說：“在DeployR網格節點上手動運行此R腳本。” 但不確定如何在網格節點上運行腳本。 如何訪問網格節點？

通常，需要有關如何為DeployR安裝軟件包的指導。

Answer 1

如果您的DeployR安裝只有一台服務器，那么“網格節點”意味着您的服務器 - 只需通過SSH（或任何其他允許您訪問DeployR的方式）並執行所需的操作。

在Linux上，DeployR最典型的問題是開發包（具有-devel后綴）的可用性，這些開發包是編譯和構建DeployR從CRAN存儲庫獲取的R包所需的源代碼（這與Windows和Mac OSX的主要區別在於有預編譯的包二進制文件）。

最簡單的方法是查看RServe日志（例如<deployr_home>/deployr/8.0.0/rserve/R/log ），找到有關某些庫（ <deployr_home>/deployr/8.0.0/rserve/R/log ）不可用的錯誤消息（例如x或curl或者其他），然后安裝所需的開發RPM（ yum install xz-devel或yum install libcurl-devel for my example）。

有時從錯誤消息中找出所需的包名稱是一個相當大的挑戰。 為此，您可以使用不同的方式，例如您在基於RedHat的發行版上使用yum search命令，或者http://rpm.pbone.net/網站查找包名稱，如果您知道應該屬於它的某個文件名：例如，如果錯誤消息顯示curl-config: command not found那么您可以在rpm.pbone.net中查找curl-config文件並獲取相應包名稱的提示。

以下是我在Amazon Linux AMI上使用的一些最常用的DeployR開發包的列表：

• PCRE-devel的
• XZ-devel的
• bzip2的-devel的
• zlib的-devel的
• libicu-devel的
• 的libstdc ++ - devel的
• 的libcurl-devel的
• 的libxml2-devel的

由於Amazon Linux基於RedHat發行版，因此這些軟件包名稱應該適合您。