如何在Linux上运行的DeployR服务器上安装R软件包（托管在Amazon EC2上）？

Question

我成功地在Amazon EC2实例上托管的Redhat Linux上安装了DeployR。 我可以成功转到DeployR登录页面并检查诊断选项卡，它说DeployR正在运行，并且显示正常。

我已经测试了一个简单的R脚本并在DeployR上运行正常，但现在我需要安装RJDBC包：install.packages（“RJDBC”，dep = TRUE）

包裹管理的文档不明确： https ： //deployr.revolutionanalytics.com/documents/admin/r-package-mgmt/

它说：“在DeployR网格节点上手动运行此R脚本。” 但不确定如何在网格节点上运行脚本。 如何访问网格节点？

通常，需要有关如何为DeployR安装软件包的指导。

Answer 1

如果您的DeployR安装只有一台服务器，那么“网格节点”意味着您的服务器 - 只需通过SSH（或任何其他允许您访问DeployR的方式）并执行所需的操作。

在Linux上，DeployR最典型的问题是开发包（具有-devel后缀）的可用性，这些开发包是编译和构建DeployR从CRAN存储库获取的R包所需的源代码（这与Windows和Mac OSX的主要区别在于有预编译的包二进制文件）。

最简单的方法是查看RServe日志（例如<deployr_home>/deployr/8.0.0/rserve/R/log ），找到有关某些库（ <deployr_home>/deployr/8.0.0/rserve/R/log ）不可用的错误消息（例如x或curl或者其他），然后安装所需的开发RPM（ yum install xz-devel或yum install libcurl-devel for my example）。

有时从错误消息中找出所需的包名称是一个相当大的挑战。 为此，您可以使用不同的方式，例如您在基于RedHat的发行版上使用yum search命令，或者http://rpm.pbone.net/网站查找包名称，如果您知道应该属于它的某个文件名：例如，如果错误消息显示curl-config: command not found那么您可以在rpm.pbone.net中查找curl-config文件并获取相应包名称的提示。

以下是我在Amazon Linux AMI上使用的一些最常用的DeployR开发包的列表：

• PCRE-devel的
• XZ-devel的
• bzip2的-devel的
• zlib的-devel的
• libicu-devel的
• 的libstdc ++ - devel的
• 的libcurl-devel的
• 的libxml2-devel的

由于Amazon Linux基于RedHat发行版，因此这些软件包名称应该适合您。