重命名多個目錄中的文件

Question

我在多個目錄中具有相同的文件名。 我想更改它們的名稱，因此它們將對應於它們所在目錄的唯一ID。

“ *”代表唯一標識符，例如“ 067”

文件名始終為“ NoAdapter_len25.truncated_sorted.fastq”

我希望每個目錄中的文件名是“ * NoAdapter_len25.truncated_sorted.fastq”，其中*表示唯一標識符

這是我得到的錯誤：

Traceback (most recent call last):
  File "change_names.py", line 19, in <module>
    rename(name, new_name)
TypeError: Can't convert '_io.TextIOWrapper' object to str implicitly

這是產生它的代碼：

from glob import glob
import re
from os import rename

#path = "/home/users/screening/results_Sample_*_hg38_hg19/N*"

files = glob(path)


for f in files:
    with open(f) as name:
        sample_id = f.partition('results_')[-1].rpartition('hg38_hg19')[0]
        #print(sample_id)
        back = f[-38:]
        new_name = sample_id + back
        rename(name, new_name)

Answer 1

您有一些問題：

1. 您沒有明顯的理由打開文件（它確認文件存在並且可以在open時讀取，但是即使打開了句柄，該名稱也可以在該文件和rename之間移動或刪除，因此您不會阻止任何操作。比賽條件）
2. 您要將打開的文件對象傳遞給os.rename ，但是os.rename接受str ，而不是類似文件的對象
3. 您正在對路徑進行很多“魔術”操作，而不是使用適當的os.path函數

嘗試這樣做以簡化代碼。 在執行示例操作時，我包括了一些內聯注釋，但這沒有多大意義（或者格式不佳）：

for path in files:  # path, not f; f is usually placeholder for file-like object
    filedir, filename = os.path.split(path)
    parentdir = os.path.dirname(filedir)
    # Strip parentdir name to get 'Sample_*_' per provided code; is this what you wanted?
    # Question text seems like you only wanted the '*' part.
    sample_id = parentdir.replace('results_', '').replace('hg38_hg19', '')
    # Large magic numbers are code smell; if the name is a fixed name,
    # just use it directly as a string literal
    # If the name should be "whatever the file is named", use filename unsliced
    # If you absolutely need a fixed length (to allow reruns or something)
    # you might do keepnamelen = len('NoAdapter_len25.truncated_sorted.fastq')
    # outside the loop, and do f[-keepnamelen:] inside the loop so it's not
    # just a largish magic number
    back = filename[-38:]
    new_name = sample_id + back
    new_path = os.path.join(filedir, new_name)
    rename(path, new_path)

Answer 2

您提供了一個文件重命名（ name ）和一個文件名，它需要兩個文件名。 要從文件獲取文件名，可以執行此操作

old_filename = os.path.abspath(name.name)