重命名多个目录中的文件

Question

我在多个目录中具有相同的文件名。 我想更改它们的名称，因此它们将对应于它们所在目录的唯一ID。

“ *”代表唯一标识符，例如“ 067”

文件名始终为“ NoAdapter_len25.truncated_sorted.fastq”

我希望每个目录中的文件名是“ * NoAdapter_len25.truncated_sorted.fastq”，其中*表示唯一标识符

这是我得到的错误：

Traceback (most recent call last):
  File "change_names.py", line 19, in <module>
    rename(name, new_name)
TypeError: Can't convert '_io.TextIOWrapper' object to str implicitly

这是产生它的代码：

from glob import glob
import re
from os import rename

#path = "/home/users/screening/results_Sample_*_hg38_hg19/N*"

files = glob(path)


for f in files:
    with open(f) as name:
        sample_id = f.partition('results_')[-1].rpartition('hg38_hg19')[0]
        #print(sample_id)
        back = f[-38:]
        new_name = sample_id + back
        rename(name, new_name)

Answer 1

您有一些问题：

1. 您没有明显的理由打开文件（它确认文件存在并且可以在open时读取，但是即使打开了句柄，该名称也可以在该文件和rename之间移动或删除，因此您不会阻止任何操作。比赛条件）
2. 您要将打开的文件对象传递给os.rename ，但是os.rename接受str ，而不是类似文件的对象
3. 您正在对路径进行很多“魔术”操作，而不是使用适当的os.path函数

尝试这样做以简化代码。 在执行示例操作时，我包括了一些内联注释，但这没有多大意义（或者格式不佳）：

for path in files:  # path, not f; f is usually placeholder for file-like object
    filedir, filename = os.path.split(path)
    parentdir = os.path.dirname(filedir)
    # Strip parentdir name to get 'Sample_*_' per provided code; is this what you wanted?
    # Question text seems like you only wanted the '*' part.
    sample_id = parentdir.replace('results_', '').replace('hg38_hg19', '')
    # Large magic numbers are code smell; if the name is a fixed name,
    # just use it directly as a string literal
    # If the name should be "whatever the file is named", use filename unsliced
    # If you absolutely need a fixed length (to allow reruns or something)
    # you might do keepnamelen = len('NoAdapter_len25.truncated_sorted.fastq')
    # outside the loop, and do f[-keepnamelen:] inside the loop so it's not
    # just a largish magic number
    back = filename[-38:]
    new_name = sample_id + back
    new_path = os.path.join(filedir, new_name)
    rename(path, new_path)

Answer 2

您提供了一个文件重命名（ name ）和一个文件名，它需要两个文件名。 要从文件获取文件名，可以执行此操作

old_filename = os.path.abspath(name.name)