qsub：如何將參數傳遞給在shell腳本中調用的perl腳本

Question

這是cwd中的內容：

blastn_build.sh q腳本

它們當前都設置為可執行文件（但不是二進制文件）

以下是blastn_build.sh的內容：

#!/bin/bash
update_blastdb.pl --showall

以下是qscript的內容：

qsub -S /bin/bash -V -b n -N nt_wgs_build -pe smp 8 -j y  -o ./nt_wgs_build.sge -l h=n10 -cwd -sync y "./blastn_build.sh"

update_blastdb.pl在我的PATH中，並以＃！/ usr / bin / perl開頭

---

現在的問題是：

運行./blastn_build.sh可以正常工作。 運行./qscript不會...這是錯誤消息：

無法連接到ftp.ncbi.nlm.nih.gov：參數無效

如果我從./blastn_build.sh中刪除--showall參數，那么./blastn_build.sh和./qscript都可以按預期工作。 問題似乎在於如何通過q​​sub將--showall選項正確傳遞給update_blastdb.pl。

任何幫助的理解和修復將不勝感激！

update_blastdb.pl（blast-2.2.31 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52640/）wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi -blast-2.2.31 + -x64-linux.tar.gz

#!/usr/bin/perl
# $Id: update_blastdb.pl 446090 2014-09-11 12:12:27Z ivanov $
===========================================================================
#
# Author:  Christiam Camacho
#
# File Description:
#   Script to download the pre-formatted BLAST databases from the NCBI ftp
#   server.
#
#        

use strict;
use warnings;
use Net::FTP;
use Getopt::Long;
use Pod::Usage;
use File::stat;
use Digest::MD5;
use Archive::Tar;
use List::MoreUtils qw(uniq);

use constant NCBI_FTP => "ftp.ncbi.nlm.nih.gov";
use constant BLAST_DB_DIR => "/blast/db";
use constant USER => "anonymous";
use constant PASSWORD => "anonymous";
use constant DEBUG => 0;
use constant MAX_DOWNLOAD_ATTEMPTS => 3;
use constant EXIT_FAILURE => 2;

# Process command line options
my $opt_verbose = 1;
my $opt_quiet = 0;
my $opt_force_download = 0;
my $opt_help = 0;
my $opt_passive = 0;
my $opt_timeout = 120;
my $opt_showall = 0;
my $opt_show_version = 0;
my $opt_decompress = 0;
my $result = GetOptions("verbose+"      =>  \$opt_verbose,
                    "quiet"         =>  \$opt_quiet,
                    "force"         =>  \$opt_force_download,
                    "passive"       =>  \$opt_passive,
                    "timeout=i"     =>  \$opt_timeout,
                    "showall"       =>  \$opt_showall,
                    "version"       =>  \$opt_show_version,
                    "decompress"    =>  \$opt_decompress,
                    "help"          =>  \$opt_help);
$opt_verbose = 0 if $opt_quiet;
die "Failed to parse command line options\n" unless $result;
pod2usage({-exitval => 0, -verbose => 2}) if $opt_help;
pod2usage({-exitval => 0, -verbose => 2}) unless (scalar @ARGV or
                                              $opt_showall or
                                              $opt_show_version);
#rest of code continues...

perl v 5.10.1

Answer 1

看起來您實際上在某個集群環境中工作（或者qsub還有什么？）。 在這個地方，您的qsubed腳本實際上運行在不同的節點上，該節點無法連接到互聯網，可以從不同的目錄開始執行腳本，或者可以從游覽原始主機上進行許多其他錯誤的配置...